Тогдашний председатель КГИОП Вера Дементьева в своих интервью средствам массовой информации клятвенно заверила горожан, что при реконструкции Новой Голландии сносить будут только постройки, «возникшие в советское время». На деле же все оказалось иначе. Превращение архитектурного ансамбля и памятника истории в объект коммерческой и развлекательной недвижимости принесло потери как архитектурные, так и исторические. В результате подготовки к реализации проекта Норманна Фостера, не осуществленного из-за сложностей в его финансировании, в августе – сентябре 2006 года были уничтожены все строения ансамбля Новой Голландии кроме тех, которые официально числились памятниками культуры. Иностранные инвесторы действовали весьма решительно и довольно энергично. Были вырублены и выкорчеваны все деревья внутри архитектурного ансамбля и исторического памятника. При этом менеджер иностранных инвесторов г-н Фабьян утверждал, что их поголовная вырубка была санкционирована руководством КГИОП, поскольку ценных пород деревьев и кустарников на строительном участке не оказалось. Среди утраченного оказались также знаменитый Опытовый бассейн, научная лаборатория академика Д. И. Менделеева и оборудованная в годы Первой мировой войны первая русская радиостанция Морского Генерального штаба, в которой тогда активно работал изобретатель радио Александр Попов, сыгравший важную роль в переговорах большевиков со ставкой генерала П. Н. Краснова. Попытки представителей общественности, членов Общества охраны памятников истории и культуры и жителей города предотвратить или остановить варварское разрушение Новой Голландии ни к чему не привели. Мало того, мощные бульдозеры и экскаваторы, расчищая будущую строительную площадку внутри Новой Голландии, также снесли и вывезли на свалку весь культурный слой почвы исторического петербургского ансамбля, формировавшийся с первых лет основания города.

Значительные потери были отмечены многими международными организациями. Всемирный фонд по охране памятников в своем заявлении отметил: «Вызывает большое сожаление, что недавно были разрушены радиостанция, откуда большевики объявили о своей победе в 1917 году, и лаборатория Дмитрия Менделеева. Мы поддерживаем инициативы по созданию новых зданий в Петербурге, но подчеркиваем, что этот город должен сохранить свою уникальность, если он хочет остаться тем городом, которым мы его знаем».

Значительные претензии по всем предлагаемым проектам реконструкции исторического острова Новая Голландия имеются у целого ряда российских архитекторов, градостроителей и рядовых горожан.