Вернувшись в Германию, Генрих IV разбил мятежных князей и во главе своего войска вступил в Италию и занял Рим, преследуя папу. Григорий VII бежал и на следующий год умер. В Германии борьба между папой и императором пришла к компромиссу – назначал епископов папа, но при их вступлении в сан присутствовал император. В своем правлении Генрих IV опирался на богатых горожан и купцов, которые видели в императоре защитника своих прав на городское самоуправление. Последние годы Генриха IV были омрачены борьбой с сыном, Генрихом V, который отобрал у отца всю полноту власти и преследовал его до самой смерти.

Генрих V назначил своим преемником племянника, Фридриха Гогенштауфена, герцога Швабского, однако германские князья не признали его и выдвинули Лотаря Саксонского и его зятя Генриха Вельфа, герцога Баварского. Это положило начало борьбе между Вельфами и Гогенштауфенами (гвельфами и гибеллинами, по названию родового замка Гогенштауфенов Вайблингена), в более широком смысле превратившуюся в борьбу сторонников и противников императорской власти. Междоусобица продолжалась 13 лет, все время правления Лотаря, пока императором не стал Конрад III Гогенштауфен, положивший начало новой династии на германском престоле. Самым известным представителем этой династии стал племянник Конрада, Фридрих I Барбаросса (рыжебородый). Он восстановил мир в империи, сделал ее вассалами Данию, Чехию и Бургундию. Он также продолжал вести борьбу с папой за верховенство имперской власти в Германии над папской. Спокойствие царствования императора постоянно омрачала лига ломбардских городов во главе с Миланом, которые боролись за свою независимость. Фридрих долгое время вел войны в северной Италии, в результате которых дошел до Рима, но эпидемия малярии вынудила его отступить, и в битве при Леньяно против войска ломбардского ополчения он был разбит. Его правление завершилось трагично – он выступил в 3 Крестовый поход и утонул в реке Салефа в Малой Азии.

Сын Фридриха, Генрих VI, был женат на наследнице Сицилийского королевства, основанного нормандскими рыцарями. Он захватил в плен английского короля Ричарда Львиное Сердце, возвращавшегося из Крестового похода, несколько лет удерживал его в плену, и отпустил, получив огромный по тем временам выкуп. Последним императором из рода Гогенштауфенов на германском престоле был сын Генриха VI Фридрих II. Он сосредоточил свою власть на Сицилийском королевстве, создав здесь первую в Европе абсолютную монархию, которая была к тому же космополтичной. Это государство стало многонациональным, здесь смешались европейские, арабские и еврейские традиции, и при всеобщей нетерпимости европейской церкви к инакомыслию, Сицилийское королевство оставалось веротерпимым. Фридрих II вел дружескую переписку с египетским султаном, на короткое время путем дипломатических переговоров вернул крестоносцам потерянный Иерусалим, однако конфликт с папой и крупными феодалами как в империи, так и в Святой земле, привели к тому, что Фридрих почти потерял власть в Германии и в 1250 г. неожиданно умер.