Во время Реформации Бранденбургский курфюрст принял протестантизм, что вызвало недовольство берлинцев, и город вступил в период смут и волнений. Тридцатилетняя война ощутимо отразилась на его судьбе, к ее окончанию население города сократилось на треть. Однако в последующие годы наступает период затишья и восстановления Берлина, город вновь растет и обретает столичный вид, в конце 17 в. прокладывается главная городская магистраль Унтер-дер-Линден (аллея под липами), а вдоль нее вырастает новый аристократический квартал. Население города растет в значительной степени за счет религиозных беженцев из других стран, где протестантизм был запрещен. Издание курфюрстом Фридрихом-Вильгельмом «Потсдамского эдикта», разрешающего селиться в Бранденбурге французам-гугенотам, еще более способствовало экономическому и культурному подъему страны. Французы открыли первый в Бранденбурге ресторан и научили немцев пользоваться столовыми приборами.

В 1618 г. Гогенцоллерны унаследовали Пруссию, которая была объединена с Бранденбургом, и образовали Прусское королевство со столицей в Берлине, со временем ставшее самым могущественным среди всех германских государств. В это время была основана Академия наук, деятельность которой связана с именами многих знаменитых ученых, а в 1810 г. был основан университет.

В ходе Семилетней войны русские войска заняли Берлин, и Прусское королевство оказалось на грани исчезновения. Однако смерть императрицы Елизаветы Петровны и воцарение Петра III спасли немцев. Новый русский император, благоговевший перед побежденным прусским королем Фридрихом Великим, приказал вывести войска из Пруссии и вернуть королю все захваченные в ходе войны земли.

В 1806 г. наполеоновские войска разбили пруссаков, французы оккупировали Берлин, и король вынужден был бежать в Кенигсберг. После разгрома Наполеона Пруссия начинает занимать главенствующее положение на немецких землях. Войны с Австрией и Францией, из которых она выходит победителем, делают ее еще более сильной. После победы во Франко-Прусской войне, по инициативе «железного канцлера» Отто фон Бисмарка, создается Германская империя, а прусский король становится императором Вильгельмом I. Империя включает земли всех мелких королевств и княжеств, входивших некогда в Священную Римскую империю, а Берлин становится центром объединенной Германии. Объединение германских земель привело к тому, что Германия стала крупнейшим государством Европы с многочисленными заморскими колониями.

Поражение в Первой мировой войне привело к падению империи и установлению Веймарской республики, которая из-за огромных контрибуций, выплачиваемых победителям – Англии и Франции, занимала шаткое экономическое положение. Экономический кризис привел в 1933 г. к власти в стране партию Гитлера и установлению Третьего Рейха со столицей в Берлине.