В Ассизи также родилась, проповедовала и была похоронена Клара Ассизская, основательница женского ордена, исповедовавшего принципы францисканцев. С этими именами двух святых и связана дальнейшая судьба города, ставшего одним из сакральных центров Европы, в который никогда не прекращался поток паломников.
Построенные в 14 в. городские укрепления, сделавшие город, расположенный на горе, практически неприступным, включили в себя остатки этрусских крепостных стен.
Узкие извилистые улочки вьются вокруг горы, сходясь на центральной площади Коммуны, где высится строгий романский городской собор св. Руфина, построенный в 1140 г., взирая на площадь тремя небольшими розетками своего треугольного фасада и доминируя над городской застройкой высокой квадратной в плане колокольней.
По соседству с собором находится символ былого римского владычества, побежденного христианством, церковь Минервы, перестроенная из древнего римского храма. Церковный фасад выделен треугольным дорическим портиком, внутри церковь имеет необычную форму ротонды, по периметру стен которой образованы алтари, украшенные фресками с позолоченным лепным обрамлением.
Также на площадь обращен фасад двухэтажного здания из светлого с примесью розового камня с квадратной зубчатой башней – палаццо Капитано дель Пополо. Здесь располагался народный капитан, осуществлявший управление городом под контролем коммуны и возглавлявший войско горожан.
В стороне от центра, на вершине горы, построен огромный комплекс базилики Сан-Франческо, строительство которой началось сразу же после канонизации святого, а закончено было в 1253 г., окруженный обширным клуатром с арочной галереей. Строительство велось в излюбленном францисканцами строгом готическом стиле, наиболее полно отвечающем принципам ордена о бедности и нестяжании. Оно ознаменовало начало новой эпохи в итальянской архитектуре, переход от романского стиля к готике. Базилика состоит из нижней церкви, еще близкой по типу к романской крипте, темной, полной скорби, где находится могила святого, заключенная в богатую серебряную раку, и верхней, залитой светом, наполненной радостью вечной жизни, которая послужила моделью для многих итальянских церквей. Над окрестностями доминирует мощная квадратная колокольня высотой 60 м.
Стены боковых нефов базилики, разомкнутые большими стрельчатыми окнами, укреплены сложной системой контрфорсов с аркбутанами, характерных для готического стиля, выносящего всю вертикальную нагрузку на стены за пределы интерьера. В верхней церкви проводятся службы, она выполнена в стиле французской готики. Ее внутреннее пространство четко структурировано, неф, пересеченный трансептом, разделен 8 тонкими пучками связанных колонн, поддерживающих сводчатый потолок с четырьмя прямоугольными пролетами. Голубой потолок пересекают нервюры, украшенные разноцветным геометрическим и цветочным орнаментом. Все пропорции архитектурных деталей четко сбалансированы, воплощая эстетическую концепцию единообразного и самодостаточного пространства, характерного для древнеримской архитектуры. Церковь залита светом и славится фресками Джотто и его учителя Чимабуэ с эпизодами из жизни св. Франциска, а также фресками братьев Лоренцетти и Симоне Мартини, видными представителями сиенской школы.