На первом этапе развития организации (1994–1998 гг.) были определены основные этапы и сроки формирования системы коллективной безопасности, утверждены Концепция коллективной безопасности государств-участников ДКБ (1995 г.), Приоритетные направления углубления военного сотрудничества, рассчитанные на период до 1998 г. Важную роль в выработке стратегии коллективной безопасности на данном этапе играла идея создания общих вооруженных сил стран-участников ДКБ. Главными проводниками этой идеи были Россия и (в первые годы существования ДКБ) Узбекистан. Так, президент Узбекистана Ислам Каримов был одним из инициаторов Договора, предложив в 1992 г. создать единую армию с долевым участием всех республик. Предпринимались попытки создания единого управления отдельными родами войск. Первым шагом в этом направлении стало подписание Соглашения о создании объединенной системы противовоздушной обороны (ОС ВПО).

Впервые ДКБ смог продемонстрировать свою эффективность в процессе обеспечения национального примирения в Таджикистане в первой половине-середине 1990-х гг. (существенная политическая, военная и военно-техническая поддержка Таджикистану со стороны преемника ДКБ – ОДКБ оказывается и сегодня). В этой постсоветской Республике сформированы коллективные миротворческие силы, проявившие себя осенью 1996 г. и летом 1998 г. – в предотвращении угрозы проникновения вооруженных отрядов из сопредельного Афганистана, а также в 1999 и 2000 гг. в ходе операций по ликвидации групп боевиков на юге Киргизии и в других районах Центральной Азии.

Однако отношение ряда государств к ДКБ в середине-второй половине 1990-х гг. претерпевало изменения. Большую роль в судьбе Договора на данном этапе сыграли противоречия между отдельными странами, входившими в ДКБ. Особенно сложным были отношения между Грузией и Россией (по вопросу о статусе Абхазии), Узбекистаном и Таджикистаном, Арменией и Азербайджаном (по вопросу о принадлежности Нагорного Карабаха). В подобных условиях ДКБ постепенно утрачивало свою эффективность. В 1999 г. Азербайджан, Грузия и Узбекистан вышли из ДКБ. Между тем, это обстоятельство не привело к отказу от идеи создания системы коллективной безопасности. 2 апреля 1999 г. главы шести государств-участников объединения (Россия, Армения, Белоруссия, Казахстан, Киргизия, Таджикистан) на сессии СКБ подписали Протокол о продлении Договора о коллективной безопасности.

В 1999–2002 гг. ДКБ переживал второй, переходный этап своего существования. Стала очевидной необходимость корректировки подходов к коллективной безопасности с учетом новых реалий. В апреле 1999 г. было принято решение о создании Рабочей группы экспертов при Генеральном секретаре СКБ для подготовки предложений о возможной адаптации ДКБ; утверждены План основных мероприятий второго этапа формирования системы коллективной безопасности (до 2001 г.) и Положения о Совете министров иностранных дел ДКБ.