Совет коллективной безопасности ОДКБ на заседании 23 июня 2005 года в Москве принял решение создать Межгосударственную комиссию по военно-экономическому сотрудничеству Организации Договора о коллективной безопасности (МКВЭС ОДКБ) и утвердил Положение о МКВЭС ОДКБ.

Импульс дальнейшему развитию ОДКБ был дан на сессии СКБ в Минске, состоявшейся 22–23 июня 2006 г. На сессии была принята Декларация о дальнейшем совершенствовании и повышении эффективности деятельности организации, включая активизацию усилий по всестороннему развитию и совершенствованию интеграционных механизмов, координацию внешней политики, защиту и обеспечение коллективных и национальных интересов государств-членов ОДКБ на международной арене.

16 ноября 2006 г. депутаты парламентов стран-членов Организации Договора о коллективной безопасности приняли решение о создании Парламентской ассамблеи ОДКБ. Штаб-квартиру ассамблеи было решено разместить в Таврическом дворце в Санкт-Петербурге. На ассамблею возлагается рассмотрение вопросов, связанных с оптимизацией пограничного и таможенного режимов при пересечении государственных границ силами быстрого реагирования ОДКБ.

Все более отчетливо стала прослеживаться тенденция к расширению взаимодействия ОДКБ с другими интеграционными объединениями на постсоветском пространстве, в первую очередь, с ЕврАзЭС. 25 октября 2004 года в Москве Генеральный секретарь ОДКБ Н. Бордюжа и Генеральный секретарь ЕврАзЭС Г. Рапота подписали Протокол о сотрудничестве между Секретариатом ОДКБ и Секретариатом Интеграционного Комитета ЕврАзЭС. В нем были намечены направления сотрудничества, в том числе, обмен информацией и документами, представляющими взаимный интерес, экспертная оценка при подготовке документов, участие в мероприятиях и др.

26 декабря 2006 г. в Москве состоялось совещание руководителей Секретариатов ОДКБ и ЕврАзЭС. На совещании было заявлено о переходе к более высокому уровню интеграции. Руководители организаций приняли решение о разработке механизмов взаимодействия в вопросах пограничной и таможенной политики (охрана внешних границ, борьба с наркотрафиком, оргпреступностью, контрабандой), в контроле за миграционными потоками и пресечении нелегальной миграции, обеспечении безопасности транспортных систем, противодействии легализации доходов, полученных преступным путем и финансировании терроризма, в области военно-технического и военно-экономического сотрудничества.

7 февраля 2007 года на совещании Рабочей группы секретариатов Интеграционного Комитета ЕврАзЭС и ОДКБ было одобрены проекты Перечня основных направлений взаимодействия ЕврАзЭС и ОДКБ и решений уставных органов по вопросам интеграции.