Переписка Патрика Гордона со своим сыном является уникальным источником, дошедшим до наших дней, повествующим о трудностях и опасностях, которым подвергались участники якобитского восстания 1689–1691 гг., пытавшиеся после его поражения выбраться из британских владений Вильгельма III в различные концы Европы. Из корреспонденции русских Гордонов следует, что ввиду разветвленной агентурной сети принца Оранского бывшие повстанцы не могли чувствовать себя в безопасности даже на европейском континенте, особенно на территории стран, входивших в состав Аугсбургской лиги. В немецких землях и на шведской территории Патрик Гордон рекомендовал своему сыну «раздобыть проезжую грамоту»[1984] от местных властей, дабы не вызвать подозрений[1985]. Однако лучшим «пропуском» опытный шотландский генерал считал «шпагу… и пару добрых французских пистолетов»[1986]. Гордон-отец настоятельно советовал Джеймсу всячески скрывать то, что он — бывший повстанец-якобит, и выдавать себя за армейского вербовщика[1987]. В своих письмах Патрик Гордон недоумевает и порой возмущается поспешностью своего сына, который с такой быстротой покидал один европейский город за другим, что не успевал получать писем от отца. Однако, вероятно, причиной такой спешки Джеймса была опасность быть арестованным[1988].

В сентябре 1690 г. Джеймс прибыл в Россию и по ходатайству отца был принят офицером в русскую армию[1989]. Он отличился в боях во время Азовского похода 1695 г. и Северной войны 1700–1721 гг.[1990] За военные заслуги был произведен в полковники[1991], а затем в 1716 г. в бригадиры. Как и отец, Джеймс в течение 1690-х гг. питал надежду на скорую реставрацию Якова II. В 1691 г. письме в двоюродному деду Джеймс Гордон подчеркивает свою убежденность в том, что приверженцы Якова II вскоре увидят «дело его Величества [короля] Великобритании в лучшем положении», а о неудачах якобитов говорил, что они «лишь временны»[1992]. В 1693 г. в одном из частных писем Патрик Гордон отмечает, что средний сын не хочет связывать себя женитьбой в России, «ожидая перемен в Шотландии»[1993]. Джеймс состоял в постоянной переписке со многими якобитами в России, Англии и Шотландии и пытался поддерживать отношения со своими сослуживцами по личной гвардии Якова II[1994].

Благодаря связям и влиянию отца, Джеймс Гордон был приближен к Петру I. Он был лично знаком с молодым русским государем, являвшимся почти его сверстником. Согласно сведениям различных источников, Джеймс Гордон нес службу в Кремлевском дворце, принимал участие в опытах юного Петра I по устройству фейерверков, и не единожды приглашался на торжественные пиры, устраиваемые лично царем и его дядей — боярином Л.К. Нарышкиным[1995]. Джеймс пользовался определенным политическим влиянием (хотя, конечно, и более ограниченным, чем Патрик Гордон) на русского царя и в среде офицерства русской армии.