Что касается реальных причин отставки В. Е. Семичастного, то, помимо его известных конфликтов с генсеком, в том числе относительно поведения его дочери Галины Леонидовны Брежневой, о чем он писал в своих мемуарах, была еще одна чрезвычайная причина, на которую особо обратили внимание тот же Д. О. Чураков, оценивший ее как «важнейшее политическое событие, переполошившее "днепропетровцев", особенно самого Л. И. Брежнева»[881]. Дело в том, что еще в середине сентября 1965 года чекисты арестовали двух ранее никому не известных заурядных «бумагомарак» — А. Д. Синявского и Ю. М. Даниэля, которые, будучи перепуганными насмерть, проснувшись утром в своей камере, вряд ли еще понимали, что стали мировыми знаменитостями. По нынешним временам предъявленные им обвинения были смехотворны. Но тогда они такими не казались не только им самим, но и Л. И. Брежневу. По сути, арест А. Д. Синявского и Ю. М. Даниэля стал беспрецедентным во всей советской истории, поскольку он не был согласован с высшим партийным руководством и генсек был поставлен перед свершившемся фактом. Однако существовавшая со времен В. И. Ленина и И. В. Сталина практика подобных арестов предусматривала обязательную санкцию высших партийных органов, хотя бы даже формальную. Поэтому такой «подарок» накануне XXIII съезда, на котором Л. И. Брежнев планировал ощутимо укрепить свою власть, явно не вписывался в сценарий предстоящего брежневского бенефиса. Генсек сразу уразумел, что сталинцы создали крайне опасный прецедент, и теперь у любого мог возникнуть соблазн действовать в обход первого лица в партии. Поэтому, воспользовавшись первым же удобным случаем, Л. И. Брежнев и убрал крайне опасного шефа КГБ, поставив на этот пост предсказуемого и подконтрольного Ю. В. Андропова.

Между тем, как пишет В. М. Легостаев, работавший 7 лет помощником секретаря ЦК, а затем и члена Политбюро Е. К. Лигачева[882], решение о выдвижении Ю. В. Андропова на работу в КГБ «было изначально политически порочным, поскольку не было продиктовано реальными нуждами обеспечения государственной безопасности», а «явилось результатом политического торга участников триумвирата друг с другом». По его мнению, вероятные причины этого назначения состояли в том, что:　

— во-первых, у Ю. В. Андропова сразу не сложились отношения с А. Н. Косыгиным, который относился к нему с «явным предубеждением», о чем открыто писал и один из ближайших андроповских соратников — генерал армии В. А. Крючков, особо подчеркнувший в своих мемуарах, что «не следует думать, что в основе их конфликта лежали лишь политические разногласия», поскольку, «по наблюдениям многих товарищей, для их отношений была характерна и какая-то личная несовместимость»[883]. Подобным же образом складывались отношения Ю. В. Андропова с «нахрапистым» Н. В. Подгорным, которому явно претила показная «интеллигентность» нового главы КГБ. Кроме того, с явным подозрением к Ю. В. Андропову относились и другие члены Политбюро ЦК, в частности М. А. Суслов и А. П. Кириленко;