После первого этапа ввода советских войск, который в целом прошел более чем успешно, началась передислокация остальных воинских подразделений. В итоге уже к апрелю 1980 года 40-я армия была полностью укомплектована, и теперь в ее состав входили 5-я гв., 108-я и 201-я мотострелковые и 103-я гв. воздушно-десантная дивизии, 56-я отдельная гв. десантно-штурмовая бригада, 66-я и 70-я отдельные мотострелковые гв. бригады, 353-я гв. артиллерийская бригада, 2-я отдельная зенитно-ракетная бригада, 59-я бригада материального обеспечения и 159-я отдельная дорожно-строительная бригада, а также 345-й отдельный гв. парашютно-десантный, 28-й армейский артиллерийский, 191-й и 860-й отдельные мотострелковые, 254-й отдельный радиотехнический и 45-й отдельный инженерно-саперный полки и 103-й отдельный полк связи. Кроме того, в состав 40-й армии вошел 34-й смешанный авиакорпус в составе семи авиаполков. Общая численность советских войск в Афганистане на тот момент составила 81 тыс. военнослужащих, на вооружении которых находилось более 3 тыс. единиц бронетехники, 900 орудий и минометов, более 100 вертолетов и около 100 истребителей, штурмовиков и бомбардировщиков.
Первоначально предполагалось, что советские части не будут принимать активного участия в боевых операциях с отрядами местных моджахедов и заброшенных наемников, а только встанут гарнизонами в крупных городах и пограничных с Пакистаном провинциях, поддерживая регулярную афганскую армию «как бы с тыла». Как позднее писал тот же А. М. Александров-Агентов, изначальный замысел всей операции состоял в том, чтобы «напугать всю антиправительственную оппозицию самим фактом появления советских войск, вынудить ее прекратить сопротивление или пойти на компромисс с Кабулом»[1099]. Но вскоре стало очевидно, что без участия советских войск не обойтись.
Уже в начале января 1980 года 108-й мотострелковой дивизии пришлось подавлять мятеж 4-го афганского артполка в провинции Баглан. Затем в конце февраля частям 103-й гв. воздушно-десантной дивизии пришлось подавлять Кабульский мятеж, организованный местными исламистами. А уже в первой половине марта 1980 года частям той же 103-й гв. дивизии при содействии 317-го гв. парашютно-десантного полка пришлось даже проводить спецоперацию в провинции Кунар, где они впервые столкнулись с отрядами моджахедов.
Затем в апреле и августе 1980 года части и соединения 201-й мотострелковой дивизии под общим командованием заместителя командующего 40-й армии генерал-майора Л. Н. Печевого провели две Панджерские войсковые операции в провинции Кунар, Панджшерском и Машхадском ущельях, где нанесли ряд существенных ударов по вооруженным отрядам лидера «Северного альянса» Ахмад Шах Масуда. Однако полностью взять под контроль северную часть Афганистана они так и не смогли, поскольку в начале августа в Машхадском ущелье провинции Бадахшан в бою у города Файзабад с отрядом афганских моджахедов Вазира Хистаки 149-й гв. мотострелковый полк полковника И. Е. Пузанова понес крупные потери. В этой ситуации в конце сентября 1980 года в руководстве 40-й армии произошла «смена караула» и ее командующим стал генерал-лейтенант Борис Иванович Ткач, который был первым заместителем генерал-лейтенанта Ю. В. Тухаринова. Именно на его долю, как уверял генерал армии В. И. Варенников, пришлись разработка и проведение первых крупных операций против моджахедов и полноценное обустройство наших войск на всей территории Афганистана[1100]. Уже 14 ноября — 5 декабря 1980 года в так называемой зоне «Центр», куда входили провинции Кабул, Парван и Бамиан, была проведена первая крупная армейская операция под кодовым названием «Удар-1». В ходе этой операции, которой руководили сам генерал Б. И. Ткач и начальник штаба 40-й армии генерал-майор Л. Н. Зенцов-Лобанов, отрядам моджахедов был нанесен очень чувствительный удар: они потеряли убитыми свыше 500 и пленными почти 750 боевиков.