Тем временем, воспользовавшись отсутствием Н. М. Тараки, X. Амин провел подготовительные мероприятия по захвату власти в стране и после его прилета в Кабул в ультимативной форме потребовал убрать с государственных постов всех его ближайших соратников (т. н. «четверку») в составе М. А. Ватанджара, А. Сарвари, Ш. Маздурьяра и С. М. Гулябзоя. Однако он отверг этот ультиматум и пригласил X. Амина на разговор в свою резиденцию, сообщив ему, что у него находятся генерал армии И. Г. Павловский и посол А. М. Пузанов[1079]. По всей видимости, Н. М. Тараки хотел обсудить с ним личное послание Л. И. Брежнева, в котором советский лидер призвал их прекратить взаимную вражду, но, когда X. Амин прибыл в резиденцию Н. М. Тараки, произошла очень странная перестрелка, в ходе которой он получил легкое ранение в руку, а глава президентской службы безопасности подполковник С. Д. Тарун был убит.
Далее события стали развиваться в стремительном темпе. Поздним вечером 14 сентября 1979 года по приказу начальника Генерального штаба генерала М. Якуба войска Кабульского гарнизона вошли в центр столицы и, взяв под свой контроль правительственные объекты, фактически блокировали резиденцию Н. М. Тараки. Одновременно Х.Амин провел заседание Политбюро ЦК НДПА, а уже утром 15 сентября под председательством министра иностранных дел и секретаря ЦК Шах Вали прошел чрезвычайный Пленум ЦК, на котором Н. М. Тараки и все его соратники из «банды четырех», которых к тому времени срочно эвакуировали в Москву, были сняты со своих министерских постов и исключены из партии. Сам Н. М. Тараки был обвинен в организации покушения на X. Амина, отправлен в отставку и заключен под домашний арест, а новым генсеком ЦК, председателем Революционного совета и премьер-министром ДРА стал Хафизулла Амин.
Между тем в тот же день, 15 сентября, советским представителям в Кабуле за подписью А. А. Громыко была направлена шифровка, в которой прямо говорилось, что «признано целесообразным, считаясь с реальным положением дел, как оно сейчас складывается в Афганистане, не отказываться иметь дело с X. Амином и возглавляемым им руководством. При этом необходимо всячески удерживать X. Амина от репрессий против сторонников Н. М. Тараки и других неугодных ему лиц, не являющихся врагами революции. Одновременно необходимо использовать контакты с X. Амином для дальнейшего выявления его политического лица и намерений»[1080].
Однако уже 9 октября 1979 года Н. М. Тараки был задушен в своем дворце, где он находился под домашним арестом. Судя по материалам следствия, эту акцию по приказу X. Амина и М. Якуба осуществили несколько офицеров из их окружения, в частности начальник президентской гвардии майор Джандад, руководитель службы безопасности капитан Абдул Хадуд и командир роты охраны старший лейтенант Мохаммад Экбаль. Как только известие об этой трагедии пришло в Москву, то, по свидетельству А. А. Громыко, «этот кровавый акт произвел потрясающее впечатление на все советское руководство» и прежде всего на Л. И. Брежнева, который «особенно тяжело переживал его гибель»[1081]. Об этом же позднее в своих мемуарах писал и В. Жискар д'Эстен, поведавший о том, что в мае 1980 года во время приватной беседы Л. И. Брежнев сообщил ему: «Президент Тараки был моим другом. Он приезжал ко мне в сентябре. После возвращения Амин его убил. Это настоящая провокация. Это я ему не мог простить»[1082].