Очень кратко также в De sectis говорит Леонтий о ереси Павла Самосатского, который «ложно учил и относительно Божества, и относительно Воплощения, который отрицал Св. Троицу, а Христа считал простым человеком» (ψιλὸν ἄνθρωπον). [1010] В этом отношении Павел Самосатский отличается и от Нестория, признававшего Св. Троицу и считавшего Христа храмом Бога Слова, и от Савелия. удерживавшего названия троичных Лиц, хотя и отрицавшего их ипостасность. [1011] Ереси Павла Самосатского Леонтий придает важное значение, и в других сочинениях останавливается на ней с большей подробностью. Он считает ее источником многих последующих ересей и еретиков: Фотина, Диодора, Феодора, Нестория. [1012] «Этот Павел есть горький куколь диавола, происшедший из Самосаты». [1013] В конце 3-й книги сочинения Contra Nestorianos et Eutychianos Леонтий специально выступает против Павла Самосатского и доказывает его несомненное влияние на Нестория. Он представляет целый ряд тезисов, воспринятых Несторием от Павла, анафематствованного православными епископами за 160 лет до него:

«Павел сказал: „Мария не родила Слова“. Несторий согласно сказал: „Не родила, любезнейший, Мария Божество“. Павел сказал: „Он не был прежде веков“. Несторий сказал: „И временную матерь назначают Божеству, Творцу времен“. Павел сказал: „Мария восприняла Слово и не есть старее Слова“. Несторий сказал: „Итак, как же Мария родила старейшего ее самой?“ Павел сказал: „Мария родила человека нам равного (ἄνθρωπον ἡμῖν ἴσον)“. Несторий сказал: „Человек, рожденный от Девы“. Павел сказал: „Превосходного по всему, так как благодать в Нем от Св. Духа, и от обетований, и от Писаний“. Несторий сказал: „Ибо сказано: Я видел Духа, сходящего как голубя и пребывающего на Нем (Ин 1:32), который даровал Ему вознесение. Ибо сказано: Дав повеления Апостолам, которых Он избрал, Святым Духом Он был вознесен (Деян 1:2), то есть [Дух] даровал такую славу Христу“... [1014] Вот преступник [Несторий] ясно сказал: „Не родился от Марии рожденный от Отца“. Это согласно с еретиком Павлом, говорящим, что „иной есть Слово и иной — Христос Иисус, и что не один, как проповедует Православие (ἡ ὀρθοδοξία κηρύσσει)“». [1015]

«Павел сказал: „Мария не родила Слова“.

Несторий согласно сказал: „Не родила, любезнейший, Мария Божество“.

Павел сказал: „Он не был прежде веков“.

Несторий сказал: „И временную матерь назначают Божеству, Творцу времен“.