Спустя четыре дня Ленин обратился к В. М. Молотову с секретным письмом для членов Политбюро по поводу событий в Шуе. «Для нас именно данный момент представляет из себя не только исключительно благоприятный, но и вообще единственный момент, когда мы можем 99-ю из 100 шансов на полный успех разить неприятеля на голову и обеспечить за собой необходимые для нас позиции на много десятилетий. Именно теперь и только теперь, когда в голодных местностях едят людей и на дорогах валяются сотни, если не тысячи трупов, мы можем (и поэтому должны) провести изъятие церковных ценностей с самой бешеной и беспощадной энергией и не останавливаясь перед подавлением какого угодно сопротивления. Именно теперь и только теперь громадное большинство крестьянской массы будет либо за нас, либо, во всяком случае, будет не в состоянии поддержать сколько-нибудь решительно ту горстку черносотенного духовенства и реакционного городского мещанства, которые могут и хотят испытать политику насильственного сопротивления советскому декрету». Продуманный до мелочей план использования шуйских событий предусматривал арест и скорейший расстрел «очень большого числа самых влиятельных и опасных черносотенцев г. Шуи, а по возможности также и не только этого города, а и Москвы и нескольких других духовных центров». «Изъятие ценностей, в особенности самых богатых лавр, монастырей и церквей, — писал вождь российской революции, — должно быть проведено с беспощадной решительностью, безусловно ни перед чем не останавливаясь и в самый кратчайший срок. Чем большее число представителей реакционного духовенства и реакционной буржуазии удастся нам по этому поводу расстрелять, тем лучше. Надо именно теперь проучить эту публику так, чтобы на несколько десятков лет ни о каком сопротивлении они не смели и думать».

На следующий день на заседании Политбюро обсуждали план изъятия церковных ценностей, разработанный Троцким. Патриарха решено было не арестовывать сразу, но предупредить, что в случае каких-либо эксцессов он будет отвечать перед судом. 28 марта в «Известиях» был опубликован «Список врагов народов», который открывал патриарх Тихон «со всем своим церковным собором». Тем временем массовые изъятия ценностей во многих городах сопровождались кровавыми столкновениями — к концу года их насчитывалось более полутора тысяч.

26 апреля в Москве начался процесс над 54 священнослужителями и мирянами, обвиняемыми в сопротивлении при изъятии церковного имущества из московских храмов. 5 мая в Ревтрибунал в качестве свидетеля был вызван «гражданин Беллавин», патриарх Тихон. Допрашивали же его не как свидетеля, но как обвиняемого, ибо еще накануне на самом высоком уровне было принято решение о привлечении патриарха к суду. В тот же день патриарха допрашивали и в ГПУ.