Как уже упоминалось выше, по соглашению, заключенному между Орденом Святого Лазаря и другими военно-монашескими Орденами, члены последних, заболевшие проказой, переходили в состав лазаритов (глава которых — Великий Магистр — по Уставу мог быть избран только из числе прокаженных; впрочем, подобное правило существовало не всегда и со временем было отменено). Как бы то ни было, хронистами было неоднократно засвидетельствовано, что, когда мусульмане в бою встречались с колонной прокаженных рыцарей и сержантов Ордена Святого Лазаря, то предпочитали искать спасения в бегстве.

Воинский контингент Ордена Святого Лазаря принимал участие в неудачной для армии Иерусалимского королевства крестоносцев битве с армией султана Египта и Сирии Саладина при Хиттине (1187 г.). До нас также дошли сведения об участии вооруженного отряда лазаритов в неудачной для «латинян» битве при Газе (1244 г.), в которой Орден Святого Лазаря понес тяжелые потери. После падения Иерусалима в 1243 г. Орден Святого Лазаря перенес свою штаб-квартиру в Аккон, разместив ее в башне Святого Лазаря, расположенной в северном пригороде Аккона — Монмусарде, оборона которого была поручена лазаритам.

В 1253 г. Орден лазаритов совершил неудачную военную экспедицию против мусульман в городе Рамле (Рамаллахе) и был спасен от полного уничтожения только благодаря вмешательству французского короля-крестоносца Людовика IX Святого.

Все братья-рыцари Ордена Святого Лазаря, участвовавшие в обороне Аккона от мусульман, погибли при взятии этого последнего оплота крестоносцев на побережье Святой Земли сарацинами в 1291 г.

В 1291 г., после падения Сен-Жан д‘ Акра — последней крепости крестоносцев в Палестине — Орден Святого Лазаря был вынужден навсегда покинуть Святую Землю и перебраться сперва на остров Кипр, а затем — в Королевство Обеих Сицилий (Неаполитанско-Сицилийское королевство) и во Францию, где лазариты основали множество госпиталей и лазаретов. К этому времени лазариты полностью прекратили свою военную деятельность, продолжая нести свое госпитальерское служение вплоть до 1342 г. Впоследствии, вследствие уменьшения численности кавалеров и монахов, Орден Святого Лазаря был вынужден в 1490 г. подчиниться духовно-рыцарскому Ордену Святого Иоанна (влившись со временем в его католическую ветвь, ныне более известную под названием Мальтийского Ордена).

Тем не менее, 4 мая 1565 г. папа римский Пий IV восстановил правовую и организационную самостоятельность Ордена Святого Лазаря. Однако, назначенному новым Великим Магистром лазаритов двоюродному брату римского понтифика, Джаннотто Кастильоне, не удалось восстановить прежнюю орденскую структуру, а в 1572 г. герцог Савойский Амедей добился от него признания своего сюзеренитета (верховной светской власти) над командорствами Ордена Святого Лазаря, существовавшими во владениях герцогов Савойских.