По Симодскому договору 1855 года остров Сахалин находился в общем японско-русском пользовании, а Курильские острова были разделены между двумя державами следующим образом: Япония владела грядой Хабомаи, Кунаширом и Итурупом, а Россия – островами от Урупа до Шумушу. И Курильские айны более тяготели к русским, нежели к японцам: многие из них владели русским языком и были православными. Причина подобного положения вещей заключалась в том, что русские колониальные порядки, несмотря на многие злоупотребления сборщиков дани (ясака) и вооруженные конфликты, спровоцированные казаками, были куда мягче японских. Айны не вырывались из своей традиционной среды, их не заставляли радикально менять образ жизни, не низводили до положения рабов. Они жили там же, где жили и до прихода русских и занимались теми же самыми занятиями.

В 1875 году по Петербургскому договору весь Сахалин был закреплен за Россией, а все Курильские острова переданы Японии.

Северокурильские айны не решились расстаться со своей родиной. И тогда их постигла самая тяжкая участь: японцы перевезли всех северокурильских айнов на остров Шикотан, отняли у них все орудия лова и лодки, запретили выходить в море без разрешения; вместо этого айны привлекались на различные работы, за которые получали рис, овощи, немного рыбы и сакэ, что абсолютно не соответствовало традиционному рациону северокурильских айнов, который состоял из мяса морских животных и рыбы. Кроме того, курильские айну оказались на Шикотане в условиях неестественной скученности, в то время как характерной этноэкологической чертой курильских айнов было расселение мелкими группами, причем многие острова оставались вообще незаселенными и использовались айнами как охотничьи угодья щадящего режима. Нужно также учитывать, что на Шикотане жило много японцев.

Очень многие айны умерли в первый же год. Разрушение традиционного уклада курильских айну привело к тому, что большинство жителей резервации ушли из жизни. Однако об ужасной участи курильских айнов очень скоро стало известно японской и зарубежной общественности. Резервацию ликвидировали. Уцелевшую горстку – не более двадцати человек, больных и обнищавших, – вывезли на Хоккайдо. В 70-е годы XIX века имелись данные о семнадцати курильских айнах, однако, сколько из них являлись выходцами с Шикотана – неясно.

На Сахалине, в то время, когда он был в совместном японско-русском пользовании, айны находились в кабальной зависимости от сезонных японских промышленников, приезжающих на лето. Японцы перегораживали устья крупных нерестовых рек, поэтому рыба простонапросто не доходила до верховий, и айнам приходилось выходить на берег моря, чтобы добыть хоть какое-то пропитание. Здесь они сразу же попадали в зависимость от японцев. Японцы выдавали айнам снасти и отбирали из улова все самое лучшее, свои собственные снасти айнам иметь запрещалось. С отъездом японцев айны оставались без достаточного запаса рыбы, и к концу зимы у них почти всегда наступал голод. Русская администрация занималась северной частью острова, отдав его южную часть произволу японских промышленников, которые, понимая, что их пребывание на острове будет недолгим, стремились как можно интенсивнее эксплуатировать его природные богатства. После того как по Петербургскому договору Сахалин перешёл в безраздельное владение России, положение айнов несколько улучшилось, однако, нельзя сказать, что превращения Сахалина («Соколиного острова») во всероссийскую каторгу способствовало развитию айнской культуры.