Все это привело к новым айнским вооруженным выступлениям, например, к восстанию на Кунашире в 1789 году. События там развивались по следующему сценарию: японский промышленник Хидая попытался открыть на тогда ещё независимом, населенном айнами Кунашире свои фактории. Фактически это было негласным нарушением господствовавшей в период правления «сёгунов» из дома Токугава доктрины самоизоляции Японии от всевозможных «иноземных дикарей», но, как говорится, «нет правил без исключений» (в чем мы еще убедимся по ходу нашего дальнейшего повествования). Вождь айнов Кунашира – Тукиноэ – не позволил промышленнику осуществить свое намерение, захватил все товары, привезенные японцами, и отослал японцев обратно в Мацумаэ. В ответ японцы установили экономическую блокаду Кунашира. После восьми лет блокады Тукиноэ, смирившись, позволил Хидая открыть несколько факторий на острове. Айнское население Кунашира немедленно попадало в кабалу к японцам. Через некоторое время айны под предводительством Тукиноэ и Икитои восстали против японцев и в ходе ожесточенной борьбы одолели пришельцев. Однако нескольким японцам удалось спастись. Беглецы добирались до столицы Мацумаэ, поведали о случившемся, и клан Мацумаэ направил на Кунашир карательную экспедицию для подавления бунта.

После подавления восстания айнов Кунашира и Мэнаси силами «боевых холопов» Мацумаэ центральное сёгунское правительство прислало на замиренные с таким трудом острова специальную ревизионную комиссию. Чиновники центрального правительства рекомендовали пересмотреть политику в отношении аборигенного населения: отменить жестокие указы, назначить в каждый район врачей, обучить айнских туземцев японскому языку, земледелию, постепенно приобщать к японским обычаям. Так началась ассимиляция («японизация»). Настоящая колонизация японцами Хоккайдо началась, однако, лишь после «революции (реставрации) Мэйдзи» в 1868 году: айнских мужчин заставляли стричь бороды, женщинам запрещали делать татуировку губ, носить традиционную айнскую одежду. Ещё в начале XIX века японскими властями были введены запреты на проведение исконных айнских ритуалов, в особенности, традиционного «Медвежьего праздника».

Стремительно росло число японских колонистов Хоккайдо: так, в 1897 году на остров переселилось шестьдесят четыре тысячи триста пятьдесят человек, в 1898 – шестьдесят три тысячи шестьсот тридцать, а в 1901 – пятьдесят тысяч сто человек. в 1903 году население Хоккайдо состояло из восьмисот сорока пяти тысяч японцев и всего лишь восемнадцати тысяч айну. Начался период самой жестокой японизации хоккайдоских айну.