Ливонский ландмейстер Готтгард фон Кеттлер упорно отказывался от переговоров с Москвой, хотя был в состоянии лишь защищать некоторые крепости. Ландмейстер и его сотрудники обращались за помощью то к римско-германскому императору, то к королям Дании, Швеции и Польши, однако реальной помощи не получали. В конце концов, Кеттлер предпочел подчиниться польской короне (подобно бывшему Верховному магистру всех «тевтонов» Альбрехту фон Бранденбург-Ансбаху, назначенному в награду за подчинение Польше сенатором и членом королевского совета). Признав актом от 21 ноября 1561 г., в качестве главы Тевтонского ордена в Ливонии, присоединение Ливонии к Польско-Литовскому государству (точнее – к Литве), Кеттлер 5 марта 1562 г. передал военачальнику короля Сигизмунда-Августа, виленскому воеводе князю Николаю Радзивиллу «Черному» (главе всей «протестантской партии» Речи Посполитой), свои ландмейстерские крест, мантию и ключи от Рижского замка Тевтонского ордена, после чего принял лютеранство и женился на дочери герцога Мекленбургского, сохранив за собой часть бывших прибалтийских владений Тевтонского ордена (в качестве первого светского герцога Курляндии). Власть его распространялась также на Земгалию (Семигалию), но более далеко идущим планам Кеттлера, рассчитывавшего стать наследственным герцогом всей Лифляндии (Ливонии), подобно тому, как бывший Гохмейстер «тевтонов» Альбрехт Бранденбургский сумел стать наследственным герцогом всей Пруссии, не было суждено осуществиться.

Царь Иоанн Грозный предложил взятому им в плен Иоганну Вильгельму фон Фюрстенбергу возглавить «Ливонское государство» под московским протекторатом, но бывший ландмейстер ливонских «тевтонов» гордо отказался, предпочтя через десять лет угаснуть в московском плену. Впрочем, в плену он жил доходами с поместья, пожалованного ему Иоанном Васильевичем под Костромой, и, мягко говоря, не бедствовал.

После очередного поражения крайне малочисленного, лишившегося всей своей артиллерии, ливонского войска в Эргемском сражении (1561) «Дом Пресвятой Марии Тевтонской в Ливонии» фактически прекратил свое существование (хотя юридически был упразднен лишь через два года).

Еще в 1559 г. датчане завладели островом Эзель (по-эстонски: Сааремаа), уступленным епископом Эзель-Викским датскому королю, и частью курляндских земель. Вассалы ордена Пресвятой Девы Марии в северных провинциях Эстляндии (Гаррии и Вирланде), окончательно убедившись в неспособности орденских властей обеспечить эффективную защиту их земель, обратились за помощью к шведскому королю Эрику XIV. В начале 1561 г. рыцарство (дворянство) и города этих бывших провинций Тевтонского ордена присягнули на верность шведской короне.