Утвержденный Собранием Предстоятелей принцип консенсуса в дальнейшем стал по-разному трактоваться в разных Поместных Церквах. Так, со стороны некоторых звучали утверждения, что этот принцип подразумевает единогласие лишь тех Церквей, которые de facto будут участвовать в работе Собора. Московский Патриархат неоднократно заявлял, что принцип консенсуса следует понимать не иначе как согласие всех без исключения общепризнанных автокефальных Церквей. Такая позиция была письменно зафиксирована, в частности, в совместном коммюнике, подписанном Предстоятелями Русской и Болгарской Православных Церквей, в ходе визита Патриарха Неофита в Москву в мае 2014 года. В документе сказано, что принцип консенсуса «подразумевает обязательное участие в предсоборном процессе и в самом Соборе всех Поместных Православных Церквей без исключения»[648].

По завершении Собрания Предстоятелей в Константинополе дальнейшая работа по подготовке Собора проходила в рамках состоявшихся в 2014–2015 годах заседаний Специальной межправославной комиссии, а также Пятого Всеправославного предсоборного совещания, которые занимались редактированием и пересмотром проектов соборных документов.

По предложению Патриарха Константинопольского Варфоломея очередное Собрание Предстоятелей Православных Церквей состоялось 21–28 января 2016 года в Шамбези. В нем приняла участие делегация Русской Православной Церкви во главе со Святейшим Патриархом Кириллом. Собрание утвердило дату проведения Собора, который теперь должен был состояться «с 18 по 27 июня 2016 года в Критской православной академии в селении Колимбари близ города Кисама». Были утверждены 6 тем к рассмотрению на Соборе. При этом по настоянию Московского Патриархата тема «Календарный вопрос» была исключена из соборной повестки дня, а документ «О препятствиях к браку» был существенно доработан. Важно отметить, что решения Собрания Предстоятелей, в том числе о созыве Собора в июне 2016 года, а также разработанный на Синаксисе Регламент Собора и отредактированный документ по теме брака не были подписаны делегацией Антиохийского Патриархата, поэтому не могли считаться принятыми единогласно. Последний документ — «Таинство Брака и препятствия к нему» — не подписала также и Грузинская Церковь. Таким образом, о согласии Поместных Церквей на созыв Собора и о консенсусе в отношении соборной повестки дня по итогам Синаксиса можно было говорить лишь условно. Русская Православная Церковь, как и некоторые другие Церкви, надеялась, что оставшееся до Собора время будет максимально использовано для того, чтобы по не подписанным на Синаксисе документам достичь действительно общеправославного согласия. К числу вопросов, требовавших безотлагательного решения до проведения Собора, относилось также отсутствие общения между Антиохийским и Иерусалимским Патриархатами по причине спора о церковной юрисдикции над Катаром.