01.12.1935 г. был пострижен в великую схиму. После кончины духовного наставника – старца Силуана – схииеродиакон Софроний в 1938 г. ушел в более уединенные места: сначала в Карулию, а затем в некоторые другие афонские скиты. В 1941 г. он был рукоположен в сан священника. В 1942 г. стал духовником греческого монастыря св. Павла на Афоне.
В годы Второй мировой войны немцы дошли до греческого полуострова Афон. Для того, чтобы вести переговоры с представителями Вермахта, требовался монах, знающий немецкий язык, а на Афоне в то время образованных монахов, владевших несколькими языками, было очень мало. Отец Софроний Сахаров знал немецкий, поэтому его попросили сопровождать офицеров, чтобы убедить их в необходимости сохранения Святой горы от разрушения. Так, в сопровождении о. Софрония Сахарова, группа посетила русский монастырь св. великомученика Пантелеймона и другие монастыри. В 1946 г. иеросхимонах Софроний (Сахаров) перешел из греческого монастыря св. Павла в русский Свято-Андреевский скит.
Вынужденное общение с немцами вызывало отрицательную реакцию монахов после войны. По политическим соображениям иеросхимонах Софроний вместе с группой других русских монахов был выслан с
Афона и в 1947 г. приехал во Францию. Поступил в Свято-Сергиевский богословский институт, но ввиду перехода в клир Московского патриархата был исключен из этого учебного заведения. Служил помощником настоятеля Никольской церкви при Русском старческом доме в гор. Сент-Женевьев-де-Буа (per. Иль-де-Франс). В 1948 г. опубликовал первое ручное издание книги «Старец Силуан», а в 1952 г. в Париже вышло первое типографское издание этой книги. 25.04.1954 г. был возведен в сан архимандрита. По архивным сведениям, отец Софроний хотел уехать в Советский Союз, чтобы поселиться в одном из строгих русских монастырей. В частности, он просил перевести его в Троице-Сергиеву лавру. Однако в середине 1950-х гг монаху белоэмигранту вернуться на Родину в СССР было крайне непросто. Ситуация же с о. Софронием была еще сложнее, т. к. его репутация была испорчена подозрением в сотрудничестве с нацистами на Афоне.
В 1956 г. на ферме Колара (близ гор. Сент-Женевьев-де-Буа) схиархимандрит Софроний учредил монашескую общину. Но организовать полноценный монастырь в этой стране ему не удалось. В 1959 г. о. Софроний переехал в Великобританию, где основал монастырь св. Иоанна Предтечи в графстве Эссекс. Перешел в юрисдикцию КПЦ. До 1974 г. был первым настоятелем обители, а затем был ее духовником до конца своих дней. Скончался в июле 1993 г. в монастыре св. пророка Иоанна Предтечи в Эссексе.