Впрочем, уже в середине XVII столетия среди сторонников представлений о России как об избранной Богом державе возникли серьезные разногласия, вызванные целым комплексом причин как социально-политического, так и чисто богословского характера. Немалую роль сыграли и различные религиозно-философские воззрения противоборствующих сторон. Главное было в том, что по-разному виделся ответ на традиционный вопрос: какое место занимает Россия во всемирно-историческом процессе?

В итоге нарастающих противоречий произошел Раскол Русской Православной Церкви, одно из самых трагических событий в отечественной истории.

В понимании царя Алексея Михайловича, патриарха Никона и других «придворных боголюбцев» Россия как «Новый Иерусалим», как центр Вселенского православия должна была стать примером абсолютного православного благочестия. Только в этом случае можно было говорить об объединении всех православных Церквей под покровительством России. А ведь в будущем подразумевалось и государственное соединение православного Востока с Россией — путем отвоевания Константинополя у турок.

Но, как известно, во многих догматических и обрядовых вопросах Русская Православная Церковь к этому времени уже значительно расходилась с Церквами греческого обряда, что, с одной стороны, как бы свидетельствовало о ее «недостаточном» благочестии, а с другой — становилось помехой к объединению всех Православных Церквей. Поэтому с середины XVII века правительством и руководством Церкви был взят совершенно новый для России духовно-политический курс — отказ от традиционного многовекового религиозно-политического изоляционизма России и проведение церковной реформы с целью сближения русского православия с греческой традицией. Такая унификация русской церковной жизни с греческой была осуществлена в 1653–1667 гг. — введено троеперстное крещение, исправлены богослужебные книги по «древним славянским и греческим образцам», изменено богослужение и т. д.

Религиозно-философской базой всех этих изменений стало «грекофильство» — идейное направление, известное в России еще с 20-х годов XVII века. В основе «грекофильства» лежали представления о том, что истинным православием может считаться только греческое православие. Традиционное же русское православие, слишком далеко отошедшее от общепринятых канонов, требует серьезного исправления. Поэтому ориентиром было избрано греко-византийское духовное и культурное наследие. Наиболее яркие представители «грекофильства» — Епифаний Славинецкий, Арсений Грек, Евфимий Чудовский, Афанасий Холмогорский, патриарх Иоаким.