Став в 1652 году патриархом, уже в следующем, 1653 году Никон предпринял первые шаги по осуществлению церковной реформы. Протопоп Аввакум оказался в числе самых ярых противников реформы, а вскоре вообще становится лидером движения «древлего благочестия», объединившего всех, кто выступал за сохранение старой веры. Осенью того же года он был арестован и сослан в Тобольск, где с семьей прожил до 1655 года. От более сурового наказания — расстрижения — его спасло лишь заступничество царя.

С 1656 по 1661 год Аввакум и его семья скитались по Сибири, ссылаемые все дальше и дальше на восток — Енисейск, Братский острог, устье реки Нерчи… Путь Аввакума был тяжел, ведь несгибаемый протопоп продолжал свою активную проповедническую деятельность и поэтому постоянно вступал в серьезные конфликты с церковными и светскими властями. Даже поддержка (тайная или явная) многих священников и государевых слуг не спасала его от наказаний — вплоть до заключения в холодную башню и битья кнутом. Но Аввакум не отступал от своих взглядов.

В начале 1660-х годов отношение власти к ссыльным старообрядцам ненадолго изменилось — отправив в опалу Никона, государь решил вернуть некоторых из них в Москву. Возвращение Аввакума продолжалось три года (1661–1664).

Царь встретил бывших ссыльных ласково. Аввакум знакомится с Епифанием Славинецким и Симеоном Полоцким, ведет с ними богословские споры. Однако, увидев, что Алексей Михайлович, отлучив от себя Никона, не собирается отменять реформы, Аввакум вновь восстал за старую веру. Прибыв в мае 1664 года в Москву, уже в августе того же года он с семьей отправляется в ссылку на север, в Пустозерск.

1 марта 1666 года Аввакум был привезен в Москву на церковный Собор. Несмотря на бурную полемику, которую вел на заседаниях протопоп Аввакум, решения собора были суровы — Аввакума и его соратников расстригли и предали анафеме, а многим урезали языки. Анафему наложили и на старые обряды. В конце 1667 года Аввакума и многих его сподвижников вновь сослали в Пустозерск, где заточили в земляную тюрьму. А 14 апреля 1682 года протопоп Аввакум вместе с тремя своим соузниками был казнен сожжением в срубе.

Несмотря на неспокойную и даже трагическую повседневную жизнь, протопоп Аввакум стал автором множества (более 80) литературных и публицистических произведений. Это — «Книга бесед», «Книга толкований и нравоучений», «Книга обличений, или Евангелие вечное», разнообразные послания и челобитные. Самое значительное его сочинение — автобиографическое Житие («Житие протопопа Аввакума, им самим написанное»), которое считается выдающимся памятником литературы XVII столетия. Все эти произведения проникнуты одной главной идеей — защитой старой веры.