В основу своих доказательств Сильвестр Медведев положил проведенный им подробный анализ изданных греками книг, основанный на рациональном методе. В своих рассуждениях он доказывал, что для новых русских богослужебных книг использовались книги, изданные в католических государствах, которые были «со старыми греческими книгами несогласны». И книги Сильвестра Медведева по этим вопросам представляют собой образчик исторической критики и переводческой деятельности.

Сам же он отстаивает именно «рационалистическую методу», в его книгах везде встречаются выражения типа: «зде убо правый разум стоит тако…», «зде правовернии, разум грамматичный известно ведущий». А своих оппонентов он укоряет как раз за непонимание значения логики и рационального знания. Так, Евфимия Чудовского Медведев обвиняет не только в презрении к «силлогизмам», но и в обычном невежестве: «Человек неученый, не точию силлогизмы добре весть, им же не учился, но и грамматики совершенно не точию греческия, но и словенския не разумеет, точию нечто греческих речений памятствует».

Кстати, еще более резко отзывался Сильвестр Медведев о «неучености» старообрядцев. В книге «Созерцание лет 7190, 91 и 92, в них же содеяся во гражданстве», описывая знаменитые прения со старообрядцами в присутствии царевны Софьи, он так характеризовал старообрядцев: «Злобнии глупцы, безумные прелести учители, в себе мятущися, ничтоже глаголюще… Сия безчинныя кличи глупых мужиков, буест же, и невежество, и нечинное стояние пред царским величеством, и презрение…» Правда, в данном случае, кроме резких выражений, Медведев не приводит никаких других «разумных» доводов.

Сама же книга «Созерцание лет 7190, 91 и 92, в них же содеяся во гражданстве» является одним из первых в России исторических исследований, которое уже не может считаться летописью. Этот факт также доказывает стремление Медведева применять «рациональную методу» во всех формах своей творческой деятельности.

Но не стоит считать, что Сильвестр Медведев уповал лишь на силу человеческого разума. Конечно же, он не был «рационалистом» в том понимании, какое этому понятию придавали позднее, в XVIII столетии, когда рационализм уже противостоял вере. Нет, он считал, что рациональные доводы должны лишь дополнять веру, доказывать ее истинность, видел ограниченность рационального знания, если оно не основано на крепкой вере. Недаром он восклицал: «О яко же некрепка вера, юже силлогизмы и человеческие доводы едва на всякий день разсуждают и новая установливают!..»