В других северокавказских республиках экспансия «чистого ислама» оказалась не такой масштабной, как в Дагестане и Чечне. Республика Адыгея вообще смогла избежать этой проблемы, а в Ингушетии зарождавшееся салафитское движение было быстро локализовано совместными усилиями мусульманского духовенства и светских властей. Оставшиеся три республики — Карачаево-Черкессия, Кабардино-Балкария и Северная Осетия понесли от ваххабитов существенные потери, однако сумели маргинализировать это течение и приравнять его приверженцев к обычным бандитам²⁷.

История ваххабитского движения в Карачаево-Черкесии, Кабардино-Балкарии и Северной Осетии восходит к 1990 г., когда активист Исламской партии возрождения Мухаммед Биджиев (известный также как Мухаммад Карачай и Мухаммад Биджи-уллу) основал в Карачаево-Черкесской АО первые джама- аты²⁸. Осенью 1991 г. их активисты составили костяк движения за восстановление Карачаевской Республики, в которой предполагалось создать автономную от ДУМ Карачаево-Черкесской Республики и Ставрополья мусульманскую структуру — Имамат Карачая во главе с Биджиевым.

После действенных мер, предпринятых властями Карачаево-Черкесской Республики и Черкесским муфтиятом, ситуация в южных районах республики была урегулирована. Имамат Карачая, правда, просуществовал до 1993 г., после чего Биджиев переехал в Москву и сосредоточился на работе в Межрегиональной исламской организации. В декабре 1999 г. он был арестован ФСБ по подозрению в причастности к организации серии терактов, однако вскоре был освобожден и в 2004 г. стал заместителем председателя ДУМЕР и генеральным секретарем Совета муфтиев России²⁹.

После отъезда Биджиева ваххабитское движение в республике возглавил уроженец села Учкекен Рамазан Борлаков, близкий соратник чеченского полевого командира Хаттаба³⁰. К 1999 г. ваххабиты, действовавшие преимущественно в карачаевской части республики, стали реальной угрозой не только для духовной, но для светской власти, повторяя в своем развитии кадарский сценарий.

Террористические акты в Москве и последовавшая за ним вторая чеченская кампания привлекли к карачаевским ваххабитам внимание московских спецслужб, получивших информацию о воюющем в Чечне «карачаевском батальоне», а также обнаруживших «карачаевский след» в деле о взрывах московских домов. В свою очередь правительство Карачаево-Черкесии отрицало наличие в своей республике крупной группы ваххабитов и утверждало, что вообще не видит в их деятельности серьезной угрозы для безопасности республики³¹.

Ситуация принципиально изменилась весной 2001 г., когда президент Карачаево-Черкесской Республики Владимир Семенов был вынужден заявить, что одной из главных проблем сейчас является борьба с религиозным экстремизмом и признал, что численность активных ваххабитов в республике значительно превышает приводившуюся до этого цифру в 200 человек³². Были приняты профилактические меры по противодействию экстремистским группам, в частности закрыто несколько общин в Малокарачаевском районе и приостановлена работа медресе в селе Учкекен. По-видимому, особого эффекта эти меры не возымели, поскольку 16 августа 2001 г. генеральный прокурор РФ Владимир Устинов сделал заявление о предотвращении попытки государственного переворота в Карачаево- Черкессии и Кабардино-Балкарии. Он сообщил, что целью этого мятежа было свержение законных властей и установление ваххабитского режима с последующим созданием объединенного теократического государства³³.