По церковным делам Алексей отвечал и за Псков, стремившийся к автономии и автокефальности, что тоже усложняло положение новгородского владыки.

При учете этих соображений мы должны несколько по-другому взглянуть на тот единственный комплекс письменных источников, на основании которого делаются выводы о глубоких еретических заблуждениях «стригольниковых учеников». Исследователи (М.В. Алпатов, Н.А. Казакова, А.И. Клибанов) понимали, что они имеют дело с тенденциозными, односторонними источниками, но (за неимением иных) иногда излишне доверялись им. Ни стригольников, ни епископальные власти нельзя оторвать от Города (будь то Псков или Новгород) во всей его социальной и культурной многослойности.

Что касается владыки Алексея, то за все три десятилетия его управления епархией он был неразрывно связан с Новгородом. Со всем Новгородом — от простых посадских людей до бояр-посадников. И весь Новгород защищал его и радовался его успехам, а его летописец не забывал подчеркнуть это единстве и старался промолчать о неудачах и косвенно-оскорбительных поучениях, организованных Москвой, вроде «Списания» пермского епископа.

Все три попытки воздействия на Алексея (1376, 1382, 1387 гг.) связаны со стригольниками и их тезисом, особенно раздражавшим духовенство: иереи, поставленные на мзде, не должны, недостойны принимать исповедь. Так, вероятно, думали не только стригольники, но и все горожане и лучшая часть епископата. Иначе трудно будет объяснить такую полную, гармоническую слитность Города и архиепископа Алексея, трижды уличенного в склонности к стригольникам или по крайней мере, к спокойному, не враждебному отношению к ним.

1388 г. Престарелый Алексей удалился от дел, уйдя в Деревяницкий Воскресенский монастырь, где была церковь, расписанная еще при Василии Калике, и специальные «владычные хоромы».

Съиде владыка Алексей с владычества по своей воли (4-я Новг.: «своего ради нездравия»), благословив своих детей — посадников и тысячкых и весь Новъград — в монастырь святого Въскресениа на Деревяницю на преполовление праздника владычня [середина великого поста], седев в дому святей Софеи лет 30 без лета и без 5 месяцъ (4-я Новг.: Изволи молчалное житие, в немощи будя). И много молиша и [его] весь Новъград, чтобы побыл в дому святей Софеи, донележе изведают, кто будет митрополит Рускои земли. И не послуша их…[367]

Съиде владыка Алексей с владычества по своей воли (4-я Новг.: «своего ради нездравия»), благословив своих детей — посадников и тысячкых и весь Новъград — в монастырь святого Въскресениа на Деревяницю на преполовление праздника владычня [середина великого поста], седев в дому святей Софеи лет 30 без лета и без 5 месяцъ (4-я Новг.: Изволи молчалное житие, в немощи будя).