Возможно, что московская митрополия, попавшая после смерти святого Алексея (12 февраля 1377 г.) в руки церковных деятелей разного качества, искала повод для ущемления новгородской епархии, стремившейся к автокефалии.

Из летописного сообщения о миссии энергичного Дионисия ясно одно — Алексей Новгородский не был ярым преследователем сомневающихся и мятущихся; он, очевидно, воспринимал «стригольниковых учеников» как и все горожане: книжные, чисто живущие люди, проповеди которых «сладко есть слушати». Богатая софийская казна, по всей вероятности, позволяла ему, бывшему софийскому клирику, не брать при поставлении преувеличенных проторей и мзды[365]. А спокойное отношение к народным сказаниям (апокрифам) и почтительное вычленение из троицы только одного Иисуса Христа, главного лица евангельского учения, выявившиеся при анализе креста, поставленного «повелением боголюбивого преосвященного архиепископа Олексиа», были продиктованы духом времени.

1385 г. На княжеском дворе собралось вече для решения вопроса об автокефалии новгородского епископата:

Целоваша крест Федор посадник Тимофеевичь тысяцкий Богдан Обакунович и вси бояре и дети боярьскии и житьи и черные люди и вся пять концев — что не зватися к митрополиту! Судити владыке Алексею в правду по манакануну [номоканону]…

Целоваша крест Федор посадник Тимофеевичь тысяцкий Богдан Обакунович и вси бояре и дети боярьскии и житьи и черные люди и вся пять концев — что не зватися к митрополиту! Судити владыке Алексею в правду по манакануну [номоканону]…

1386 г. Дмитрий Донской с большим войском подошел к Новгороду, стремясь наказать его за ушкуйничество и разбои. Владыка Алексей пытался склонить князя к миру, но безуспешно: «Князь владыце не послуша». «Низовцы»-москвичи тем временем, как мы уже видели, сожгли 24 пригородных монастыря (в том числе и Успенский Волотовский). Новгород откупился большой контрибуцией, и великий князь согласился на мир и прислал наместника и сборщиков дани, а митрополичья канцелярия (сам Пимен был вызван в Царьград) послала своего деятеля:

Приездил в Великий Новъгород в великое говенье [1387 г.] Стефан владыка Перемьский из Великой Перми, что крещал пермичь[366].

Приездил в Великий Новъгород в великое говенье [1387 г.] Стефан владыка Перемьский из Великой Перми, что крещал пермичь[366].

Результатом этого приезда было известное нам «Списание от правила святых апостол и святых отецъ, дал владыце наугородцкому Алексею Стефан, владыка Перемыский на стригольникы».

Третий раз поучали владыку Алексея. Первый раз в 1376 г. дружески и благосклонно поучал старший по сану митрополит Алексей, а два последующих поучения Алексею пришлось выслушать от только что получившего архиепископию Дионисия (1382 г.) и недавно поставленного в епископы Стефана Пермского (1387 г.). Следует учесть, что архиепископ Великого Новгорода был не только главой епархии, но в известной мере и главой боярской республики, руководя дипломатией и частью внутренних дел. Вероятно, поэтому владыка Алексей получал чувствительные удары и уколы во время возникновения новгородско-московских конфликтов. Политические коллизии вызывали стремление Москвы найти и обнародовать темные стороны непосредственно подчиненной архиепископу общественно-церковной жизни. А в этой области Новгород с его полуязыческим населением пятин и земель («Заволочье», «Двина», Беломорье) и грамотным городским посадом начиная с XI столетия являлся сложным и нередко весьма уязвимым организмом.