Тогда же была сформулирована главная цель всего «християнского братства» – «святую веру хранить при антихристе», и были высказаны соборные напутствия о том, «чтобы все християне находились под пастырским наблюдением». «Странствующая Церковь» была разделена на «пределы» и «области». Никита Семенович составил для членов страннической общины особый устав, состоявший из 19 глав и 84 статей (отсюда впоследствии произошло название той части страннического согласия, которая признала эти «статьи» – «странники-статейники»). Согласно «статьям» в беспоповской страннической Церкви вводилась своего рода иерархия: согласие было разделено на «пределы», во главе которых стояли «предельные-старшие» с функциями «в пример епископа». Все согласие возглавлял «преимущий-старший» с полномочиями «в пример патриарха», который должен был управлять всеми церковными делами. В каждой отдельной местности имелся также настоятель, наподобие пресвитера, подчинявшийся местному «епископу». Милостыня, посылаемая щедрыми благодетелями, должна была поступать в общую странническую кассу (именовалась «общей церковной кассой»), но распоряжаться ею имел право лишь тот, кто занимал место «патриарха». На должность первого «преимущего-старшего» через некоторое время был избран сам Никита Семенович. (Впоследствии инок Арсений (Рябинин) первым из статейников назовет себя патриархом.) Тем самым образовалось новое согласие так называемых странников-статейников, или иерархитов. Однако часть странников не приняла «статей» Никиты Семеновича, и произошло новое разделение.

Никита Семенович обладал прекрасным знанием Священного Писания, святоотеческой литературы и истории Церкви, а также выдающимся полемическим даром, благодаря которому не раз побеждал в спорах «врагов истины» – своих оппонентов. На все каверзные вопросы он отвечал «от Писания», спокойно, без гнева и раздражительности. К искренне заблуждающимся относился с большим сожалением и состраданием, как к «твари Божьей», по-христиански осуждая не людей, а их дурные дела и ереси. Когда же противники, видя свое бессилие, начинали раздражаться и злиться, Никита Семенович с доброй улыбкой говорил им: «Почему, друзья, предаетесь дьявольской гордости, не лучше ли вам покориться истине?»

Однако далеко не всех останавливали аргументы и кроткое обхождение Никиты Семеновича. У него появились ожесточенные враги, которые ни перед чем не останавливались. «Однажды, – вспоминает он, – по просьбе боголюбивых людей, я беседовал в деревне Вахрушево Вологоцкой губернии. Беседа была прительная, и когда она окончилась с блестящей победой на стороне истины, тогда лжеучители решили меня предать в руки гражданской власти, как врага господствующей церкви и притом не имеющим паспорта (мне было тогда 45 лет). И когда я поехал из Вахрушева чрез город Вологду, то тут меня арестовали и бросили в тюрьму». Произошло это в 1854 г.