В тюрьме Никита Семенович просидел два года. Кроме особо назначенных следователей его часто допрашивал сам вологодский губернатор. «Когда нужно было взять меня из тюрьмы для допросов, то губернатор заезжал за мной, садил меня с собой в свою карету и всегда вежливо обращался со мною, называл меня: „Никита Семенович“». На допросах губернатор и его сотрудники удивлялись начитанности старца не только в духовной, но и в светской литературе, и его настолько мудрым ответам, что однажды губернатор сказал так: «Ну, Никита Семенович, я не понимаю кто ты есть, ангел или диявол, ибо мудрость твоя не человеческая».

Не зная, что делать с подследственным, вологодские власти после двухгодичного следствия отправили его дело в Петербург к самому императору. Царствовавший в то время император Александр II написал резолюцию: «Отправить его в Соловецкий монастырь на время для уверения». Однако губернатор слукавил и, читая Никите Семеновичу приговор, произнес вместо слов «на время» – «навечно». Эти слова произвели на старца такое сильное впечатление, что он даже попытался совершить побег, когда его везли на «вечную ссылку» на Соловки. Побег закончился тем, что Никиту Семеновича поймали, связали и препроводили под конвоем на Соловецкий остров. Здесь он был посажен в монастырскую тюрьму и просидел два года, не получая с воли никаких вестей от своих единоверцев.

Через два года в Соловецкую обитель прибыл император Александр II, который среди прочих достопримечательностей пожелал осмотреть и монастырскую тюрьму. Была ему открыта и та одиночка, где сидел старец Никита Семенович. Увидев чистоту и порядок в камере, император весьма удивился и спросил об арестанте сопровождавшего его архимандрита. Тот рассказал ему всю историю старца, не умолчав и о поступке вологодского губернатора. Тогда Александр распорядился освободить старца из тюрьмы, что в скором времени и произошло. Никите Семеновичу дали одиночную келью, откуда он мог свободно выходить в монастырь и даже за монастырские ворота, однако отлучаться с острова ему запрещалось.

Как-то раз, прогуливаясь по территории монастыря, он увидел древнюю икону преподобных отцов Зосимы и Саватия Соловецких. С тех пор он стал усердно и подолгу молиться перед этой иконой, прося святых угодников об избавлении «из плена неверных людей, занимающих святую обитель и остров». Однажды в голову ему пришла светлая мысль написать своим единоверцам в Вахрушево и попросить их приехать за ним. Так и сделал. 8 августа, на праздник святых Зосимы и Саватия, на Соловки прибыли два человека на лодке: один – странник, а другой – «благодетель». В эту же ночь был совершен побег. Проплыв три часа по морю, беглецы достигли материка, после чего отправились в сторону Вологды, в родные края.