Рукописи
«Хроника Захарии» известна в двух рукописях: «Афон 1480» и «Р. VIII. 132» — последняя известна так же как «Патриаршая версия». «Афон 1480» — манускрипт
Вторая и единственная из известных копий или версий «Хроники Захарии» — «Р. VIII. 132», или «Патриаршая версия», — хранится в библиотеке Вселенской Патриархии в Константинополе и палеографически датируется серединой или концом шестнадцатого века. Вероятно, это позднейшая версия копии, присланной патриарху настоятелем Зографу еще при жизни Захарии. Оригинал этой версии предположительно сопровождался письмом настоятеля, предостерегавшим патриарха о возможной ереси в болгарском монастыре Святого Георгия. Письмо не сохранилось, но возможно, что ради точности и сохранения тайны настоятель Зографу предложил Захарии сделать вторую копию для отсылки в Константинополь, оставив у себя оригинал для библиотеки Зографу. Спустя пятьдесят или сто лет после его создания документ все еще считался настолько важным, что его копировали в Патриаршей библиотеке.
«Патриаршая версия», представляющая собой позднейшую копию, отличается от «Афон 1480» еще одной малозначительной подробностью: в ней опущена часть рассказа о видении монахов Снагова, несших бдение над покойным, а именно: от строки «Один монах видел зверя» до строки «безголовое тело князя зашевелилось и стало подниматься». Этот отрывок переписчик Патриаршей библиотеки мог выпустить, чтобы спасти читателя от ереси, свидетелем которой стал Стефан, или, возможно, чтобы сократить распространение суеверий, связанных с ожившими мертвецами, — род поверий, которых никогда не одобряли церковные власти. Точная датировка «Патриаршей версии» затруднительна, хотя копия числится в каталоге Патриаршей библиотеки с 1605 года.