По прибытии в Камчатку его путешествие чуть было не закончилось из-за усилий камергера Резанова, который требовал отдать под суд всех офицеров «Надежды», а Крузенштерна казнить. Фёдору Ивановичу Толстому тем более не поздоровилось бы, останься он на корабле. И всё же опасный скандал удалось погасить благодаря мудрым действиям капитан-лейтенанта. Ему помогла неожиданно сдержанная позиция камчатского генерал-губернатора Кошелева, который не поддался уговорам камергера. Стороны формально примирились, и плавание было продолжено.

По возвращении в Петербург капитан второго ранга Крузенштерн получил орден Святого Владимира с высочайшим рескриптом: «Свершив с вожделенным успехом путешествие кругом света, вы тем оправдали справедливое о вас мнение, в каком с воли Нашей было вам вверено главное руководство сей экспедиции». Так император поставил точку в споре о том, кто же всё-таки командовал походом.

Иван Фёдорович опубликовал блестящее описание путешествия, стал почётным членом Академии наук, трудился в Главном штабе и Главном морском штабе, составил уникальный «Атлас Южного моря» и многие годы воспитывал военных моряков. Крузенштерн подготовил инструкцию для нового кругосветного путешествия, которое в 1815 году возглавил Отто Коцебу, один из бывших младших офицеров «Надежды».

Вклад Ивана Фёдоровича в российскую и мировую науку особенно высоко оценили за рубежом: ещё при его жизни англичане издали обзор главных кругосветных плаваний за всю историю и назвали книгу «От Магеллана до Крузенштерна». Имя адмирала Крузенштерна носят остров, пролив, риф, кратер на Луне и прекрасный четырёхмачтовый парусный корабль, который по сию пору совершает кругосветные походы с учебной командой.

Сенатский обер-прокурор и камергер императорского двора Николай Петрович Резанов остался весьма противоречивой фигурой в российской истории. Графом он так и не стал — и в Петербург не воротился. Японское посольство было провалено; очевидцы утверждали, что Николай Петрович приложил к этому руку. В то же время заслуги Резанова в освоении Русской Америки несомненны: коммерция удавалась ему лучше всего.

Резанов потратил год, стараясь реабилитировать себя в глазах императора, и энергично утверждал присутствие России на американском континенте. В поисках провианта для Аляски он добрался до Калифорнии. В Сан-Франциско светский лев очаровал Консепсьон Аргуэльо, четырнадцатилетнюю дочку городского коменданта — интерес Николая Петровича к совсем юным особам не угас и в сорокалетием возрасте. Через полтора века эта история вдохновила поэта Андрея Вознесенского на поэму «Авось», где отношения с Консепсьон поданы в сугубо романтическом ключе. Однако Резанов сам писал о том, как влюблённая девушка способствует успехам торговли. На кораблях «Юнона» и «Авось» камергер переправил из Калифорнии в Ново-Архангельск огромный груз продовольствия, купленного по более чем умеренной цене, а после всё же отправился из Америки в Петербург.