Вероятно, когда в январе 1946 года Сталин на встрече с руководителем Южного Сахалина говорил о «дружбе» с японцами («Относитесь лояльнее – возможно, будем дружить с ними…»), в Кремле рассматривали возможность сохранения японского анклава на острове. Но в течение того же года, по мере нарастания «холодной войны» между СССР и США, высшее руководство Советского Союза приняло решение не экспериментировать с новой национальной автономией на дальневосточных границах.
Одновременно, за депортацию всех подданных «Страны восходящего солнца» обратно в Японию выступали и власти США, контролировавшие тогда метрополию бывшей самурайской империи. Американские оккупационные власти были обеспокоены распространением коммунистических идей среди японцев и не желали видеть под боком успешный пример «японского социализма» на соседнем Сахалине. Поэтому уже в конце 1946 года власти США и СССР быстро договорились о депортации сахалинских японцев на родину – даже разгоравшаяся «холодная война» не помешала бывшим союзникам достичь согласия в этом деле.
Советские власти согласились выслать японское население, а американские предоставляли корабли для их перевозки с Сахалина на Хоккайдо. Так большая геополитика вновь круто изменила судьбу сахалинских японцев, уже вполне прижившихся при сталинском социализме.
2 января 1947 года Указом Президиума Верховного Совета СССР «японская» Южно-Сахалинская область объединялась с Сахалинской областью (давно существовавшей на севере острова). При этом столица новой объединённой области переносилась в Южно-Сахалинск, бывший японский город Тойохара. На остров приезжали тысячи переселенцев из России и других республик СССР. Японскому населению приказали готовиться к репатриации на историческую родину.
В те дни выходившая в Южно-Сахалинске газета «Красное знамя» опубликовала стихи Сергея Феоктистова, поэта и военного лётчика, воевавшего в 1945 году с японцами, о смене хозяев сахалинской и курильской земли:
Для японцев места здесь больше не оставалось, их ждала оккупированная американцами историческая родина.