Революционные лидеры остро сознавали опасность недовольства, которое могло возникнуть среди католического населения, отрезанного от католических властей и руководства. Им были отчаянно нужны епископы, но принимать епископов, предложенных Фердинандом VII согласно древним правам, за которые он упорно цеплялся, означало бы проглотить оскорбление независимости и, возможно, поставить под угрозу само существование новых государств. Они заявляли, что их республиканские правительства стали преемниками всех былых королевских прав на своих территориях, включая покровительство церкви. На практике многие из них были готовы принять почти любую формулировку, за исключением права короля предлагать кандидатуры на высшие церковные посты, которая позволит рукополагать епископов. Папские власти, со своей стороны, очень желали дать Америке епископов, чтобы Индии не стали добычей протестантов или кого похуже, но они утверждали, что если короля Испании лишить Patronato, то Patronato вернется к папе римскому. Более того, в политической обстановке 1820-х годов возвести в сан епископов, не выдвинутых на должности Фердинандом VII, означало бы спровоцировать неистовое возмущение и Испании, и ее могущественных союзников. Это стало ясно в 1827 году, когда папа Лев XII огласил имена шестерых кандидатов на посты епископов в Колумбии. Боливар отнесся к действиям папы как к победе своего правительства; Фердинанд VII гневно протестовал, и папа римский был вынужден подтвердить и признать право короля представлять кандидатов на высшие церковные посты на суд общественности, чтобы при назначении епископов «это не происходило по предложению какого-нибудь вождя мятежников». Преемник Льва XII папа Пий VIII не рукоположил в Индиях ни одного епископа, объяснив свой отказ сделать это царящим беспорядком и неминуемым развалом некоторых из новообразованных государств. И только в 1831 году новый папа Григорий XVI рискнул вызвать недовольство Испании, объявив в булле Sollicitudo Ecclesiarum о своем намерении вступить в нормальные церковные отношения с существующими де-факто правительствами, которые продемонстрировали признаки стабильности. В 1831–1840 годах вакансии епископов во всех епархиях были заполнены. Кандидатуры многих новых прелатов были неофициально предложены республиканскими правительствами, но ни в одном случае папа римский официально не признал право на представление кандидатов на высшие церковные посты.

В годы войны и период последовавшей неопределенности низшее духовенство было во многом предоставлено самому себе. Без должного руководства или управления церковь во многих регионах стала дезорганизованной, ее авторитет ослаб, престиж уменьшился. С экономической и социальной сторон она была открыта для нападений из-за своих огромных и явных богатств. С политической точки зрения она внушала подозрения из-за своих былых связей с короной. Тем не менее на церковь не было вольтерьянских нападок, не было официального антиклерикализма, сравнимого с антиклерикализмом испанского правительства в начале 1820-х годов. Отношение политических лидеров новых государств к ней, как и ко многому другому, было консервативным. Только в одну республиканскую конституцию – конституцию Ла-Платы была включена свобода вероисповедания, помимо других прав граждан. Сан-Мартин жил и умер истовым католиком. Даже свободомыслящие лидеры, включая самого Боливара, официально посещали мессы. Некоторые ковбойские предводители были шумно набожными. Факундо Кирога (1788–1835) в Аргентине, очевидно не осознавая иронии, одно время демонстрировал черное знамя с лозунгом «Религия или смерть». Росас (1793–1877) в Аргентине был большим поборником привилегий духовенства до тех пор, пока оно ему повиновалось; то же самое можно сказать и об Итурбиде (1783–1824) и Санта-Ане (1795–1875) в Мексике. Такой новатор и либерал, как Гомес Фариас (1781–1858)[112], с его преждевременными планами секуляризации образования и церковной собственности в Мексике был редким исключением среди политических лидеров до середины века; и даже он лично был набожным человеком. В общем, новые правители хотели уважать и защищать церковь и в то же время ограничивали ее независимую политическую деятельность, контролировали назначения на ее высшие должности, использовали ее в качестве административного инструмента и стража стабильности и общественного порядка. Некоторые наиболее серьезно настроенные лидеры действительно хотели реформировать ее законодательным путем, но даже это не было особенно новым. Взгляды государственных деятелей, таких как, скажем, Ривадавия, на правильные отношения церкви и государства – когда была признана замена испанской короны республиканским правлением – не сильно отличались от взглядов министров Карла III.