Одной из наиболее трудноразрешимых проблем, вставших перед политическими лидерами 1820-х годов, пытавшихся добиться национального единства и порядка в провинциях, была позиция церкви. Трудности возникли из-за взаимопроникновения церкви и государства в Индиях под властью короны на протяжении трех веков имперского правления. При Габсбургах представители духовенства были незаменимыми представителями королевской власти не только косвенно, посредством их духовного авторитета, но и непосредственно, через их службу в колониальной администрации. Прелаты служили в качестве oidores, губернаторов, советников по делам Индий и даже были вице-королями. Короли династии Бурбонов постепенно отошли от практики использования священнослужителей как гражданских служащих и разными способами пытались ограничить политическую и экономическую власть духовенства. Временами они поступали заметно сурово с некоторыми представителями церкви, особенно с монашескими орденами, доходя в случае с иезуитами до преследований и изгнания. С другой стороны, они в полной мере оценили огромную важность церкви и в плане ее духовной поддержки своей власти в Индиях, и в качестве жизненно важного инструмента поддержания общественного порядка. Духовенство играло соответствующую роль. В конце XVIII века церковь в Индиях за малым исключением была покладистой и почтительной, лишенной рвения, свойственного сторонникам абсолютного авторитета папы римского, больше известной соблюдением внешних приличий, чем силой и интенсивностью своей духовной жизни.

Когда начались первые восстания, большинство высших клириков в Индиях были полуостровными испанцами, и почти все они были людьми, на преданность которых корона могла положиться. На первом этапе революционных волнений освободились несколько епархий, но за исключением провинций в Ла-Плате все эти вакансии были снова заполнены в 1814–1816 годах с подачи королевской власти; а в 1816 году папская энциклика, вышедшая по просьбе короля Испании Фердинанда VII, напомнила духовенству в Америках, что отчасти их обязанность состоит в том, чтобы противодействовать бунтам. Епископы были обязаны публично осуждать новые военные кампании, которые после 1816 года были откровенно направлены против королевской власти Испании. По мере того как восстания делали успехи и возникали революционные правительства, многие епископы покидали свои епархии – или их изгоняли – и возвращались в Испанию. Было несколько исключений. Двое епископов в Колумбии позволили Боливару убедить себя остаться на своих постах, не изменяя своих взглядов на королевскую власть. Однако эту ситуацию запутали революция в Испании в 1820 году, антицерковная политика кортесов и новых министров. Испания и папская власть временно отдалились друг от друга, и многие священнослужители в Америке, раньше преданные испанской короне, отвернулись от нее. Когда в 1823 году Фердинанд VII возвратил себе абсолютную власть и вся мощь Священного союза[111] стала его поддержкой, большая часть Индий была почти потеряна. Тем не менее король по-прежнему полагал, что утраченное положение можно вернуть с помощью церкви. В 1824 году вышла еще одна энциклика в его поддержку, которая лишь спровоцировала бурю протестов в Америке. К этому времени многие епархии были вакантны. Заполнить эти вакансии стало задачей огромной международной важности.