Как установили Николаевский и другие исследователи, первым издателем «Протоколов» был ярый антисемит П.А. Крушеван, владелец недолго издававшейся (1902–1905 гг.) малотиражной петербургской газеты «Знамя». В конце августа — начале сентября 1903 г. (единственный год, когда «Знамя» выходило бесперебойно ежедневно) на страницах газеты появилось изложение политики, якобы выработанной на заседаниях «Всемирного союза франкмасонов и сионских мудрецов». Материал назывался «Программа завоевания мира евреями», и в предисловии к нему редакция уверяла, что это серьезное предупреждение независимо от того, лежит ли в его основе подлинный сионистский документ или аллегорическое умозаключение. Если верно последнее, писало далее «Знамя», тогда эта подделка принадлежит «очевидно… весьма умному человеку», который пришел к «справедливому выводу», что у евреев есть «планы завоевания». Поскольку «Знамя», подобно большинству газет в двух столицах, после 1865 г. не подлежало предварительной цензуре, Крушевану ничто не помешало опубликовать «Протоколы» на свой страх и риск.
В конце 1905 г. Сергей Александрович Нилус выпустил в свет более полный вариант «Протоколов», уже не заводя речи об их подлинности. Поначалу он собирался издать их небольшой книжкой и в середине 1905 г. представил рукопись в Московский комитет по делам печати на цензуру, как того требовал закон, если объем издания не превышал 160 страниц. В то время рукопись называлась «Торжество Израиля и Антихрист как близкая политическая возможность (Протоколы собраний сионских мудрецов), 1902–1904», и получается, что так называемые «собрания» происходили в течение нескольких предыдущих лет.
28 сентября 1905 г. московский цензор С.И. Соколов дал отзыв на 13 страницах, в котором отверг сокращенное издание. Объяснив, что в рукописи говорится о заговоре «сионских мудрецов» с целью свержения правительств путем «бесовской» либеральной политики и революционных действий, он предупредил, что её опубликование может «привести повсеместно к уничтожению всех без исключения евреев, которые в массе своей, само собой, не подозревают о замыслах сионистов». Автор предлагал, однако, передать рукопись в соответствующие инстанции для изучения, дабы там решили, не следует ли провести расследование.
В своем постановлении Московский комитет по делам печати признал нецелесообразным выпуск «Протоколов» в сокращенном виде, ибо при широком распространении они могут посеять раздоры (издания объемом до 160 страниц именно потому и подвергались предварительной цензуре, что доступная цена и небольшой объем обеспечивали им высокий спрос). При этом комитет постановил также, что, поскольку в рукописи Нилуса излагаются «догмы… сионистской секты», которые, на взгляд членов комитета, представляются явно «экстремистскими и безумными», ее можно опубликовать, включив в состав большой книги и тем самым ограничив аудиторию узким кругом читателей. Судя по тем же документам цензурного ведомства, Московский комитет по делам печати располагал десятью главами книги Нилуса, написанными мудреным языком в форме апокалипсического пророчества о скором пришествии Христа. Даже при беглом чтении этого труда видно, что и догматы самого Нилуса весьма близки к экстремизму и безумию, и наверняка именно это обстоятельство убедило членов комитета, что объемистый том Нилуса найдет читателей лишь в узком кругу фанатиков.