Токугава превратил свою усадьбу в Эдо в практически неприступную крепость. В ней вместе с ним проживали наиболее преданные ему вассалы со своими семьями. Враждебно настроенных феодалов Токугава поселил вдали от своих владений и позаботился о том, чтобы оторвать их друг от друга в территориальном плане. Постепенно Токугава ликвидировал власть князей-«дайме». Ремесла и торговля во многих городах стали подчиняться центральной власти, т. е. Токугава. Окончательно Токугава закрепил свою власть над страной в 1600 г., разбив враждебную ему западную группировку под руководством Исида Мицунари.
Опорой Иэясу Токугава была восточная часть Японии. Заключая политически выгодные браки своих родственников (прежде всего своих детей), он привлек на свою сторону многих представителей влиятельной знати. Он стал одним из самых богатых людей страны. Его личные владения составляли одну седьмую часть всех земель Японии. Когда в 1603 г. Токугава получил из рук императора титул «сегуна», он правил Японией после этого еще два года, а затем правителем стал его сын Хидэтаде. Однако отход Токугава от дел носил формальный характер. Внешней политикой по-прежнему руководил он, внутренние дела страны были также под его контролем – сын всецело подчинялся его решениям.
Начиная с династии Фудзивара, реальная власть в Японии принадлежала сначала одному из влиятельных домов, а после возникновения системы сегуната – сегуну. Последний издавал законы от имени императора. Для японцев император был высшим божеством.
Период правления И. Токугава вошел в историю Японии как период «великого мира». Он положил конец междоусобице и не воевал за пределами страны. Его политика была направлена на постепенную изоляцию Японии от внешнего мира. Желая сохранить традиционную японскую культуру, Токугава предпринял ряд действий. Прежде всего он изгнал из страны иностранцев (португальцев и голландцев), а японцам запретил покидать страну. Некоторые контакты, правда, строго контролируемые, все же остались. Они способствовали тому, что европейские научные знания успешно применялись для развития экономики Японии.