В сентябре 1799 года стало хуже. Появившись тоже у Палермо, Ушаков намеревался атаковать Мальту, как того требовали от него настоятельные распоряжения из Петербурга. Англичане этому воспротивились, дав понять, что присутствие русского адмирала в Средиземном море им так же неприятно, как продолжительное пребывание Суворова в Северной Италии неприятно австрийцам. Ушаков великодушно предложил свое содействие для взятия Рима и быстро переправил туда часть десанта. Но англичане, опередив его в Чивита-Веккии, заставили 27 сентября французский гарнизон сдаться на капитуляцию и овладели крепостью. Неаполитанцы получили на свою долю Рим, русские – ничего.

В это время под Анконой, за неимением в достаточном числе десанта, Пустошкин был вынужден блокировать город, защищаемый 3000 частью французских, частью цизальпийских войск, под начальством генерала Монье. Только в октябре, с прибытием Фрелиха и 8000 австрийцев, он получил необходимое подкрепление. Но тотчас же, потребовав себе все права главнокомандующего, австрийский генерал совершенно вытеснил русского адмирала, и 13 ноября (новый стиль) подписал вместе с Монье капитуляцию, которая, передавая город одним австрийцам, запрещала даже вход в него русским и туркам!

Французский комендант потребовал включения этой статьи, основываясь на нарушении международного права, в чем будто бы оказался недавно виновным офицер русско-турецкого экспедиционного корпуса, граф Войнович, при взятии Фано, севернее Анконы.

Так как русские и турки протестовали и подняли свои флаги рядом с австрийским на десяти французских судах, захваченных на рейде, Фрелих приказал эти флаги убрать, употребив, в случае необходимости силу, и отдал такое же распоряжение относительно постов, введенных союзниками в город. Что касается сущности данного факта, русские и австрийские донесения об этом инциденте согласуются между собой.

Он нанес пошатнувшейся коалиции удар, от которого она уже не могла оправиться. Напрасно в Петербурге Панин вместе с Кобенцелем старались отвратить его последствия. Доверие к министру было уже поколеблено, а доверия к посланнику не существовало вовсе. Кобенцель находился почти в карантине. По свидетельству его баварского коллеги, «постигнутый отвратительной болезнью, делавшей его из очень некрасивого, каким он был, почти безобразным, он даже и в физическом отношении становился предметом отвращения». Уполномоченный заместить в обряде венчания жениха великой княжны Александры, он должен был отказаться от этой чести, так как обряд греческой церкви потребовал бы от новобрачной пить с ним из общей чаши, что было ей противно, не без основания. При известии о происшедшем в Анконе, Павел отказал послу в приезде ко двору до тех пор, пока Россия не получит надлежащего удовлетворения.