После смерти Увайс-хана (1429) два его сына, Юнус и Есенбуга, или Есен-буга II, начали борьбу за трон, вернее, начали ее сторонники того и другого, поскольку старшему, Юнусу, было не больше тринадцати лет. Впрочем, верх одержал младший, Есенбуга II, а Юнус бежал в Самарканд, к Тимуриду Улугбеку.

Итак, Есен-буга II, несмотря на свою молодость, правил всем Моголистаном (1429–1462). Дуглатский эмир Саид Али, который помог ему взойти на трон, стал еще более могущественным, чем был. В это время Дуглаты, под сюзеренитетом чагатаидского хана, владели Аксу, Баем и Кучей, но на некоторое время потеряли Кашгар, отнятый у них трансоксианскими и хорасанскими Тимуридами Шахрухом и его сыном Улугбеком. Впрочем, приблизительно в 1433–1434 гг. Саид Али сумел отбить Кашгар у наместников Улугбека. «Тарих-и Рашиди» славит его правление, способствовавшее возрождению Кашгара, и то внимание, которое он уделял сельскому хозяйству и скотоводству.

Есен-буга II, как мы видели, воевал с тимуридским правителем Трансоксианы Абу-Саидом. В 1451 г. он возглавил грабительский набег на Сайрам, город Туркестан и Ташкент на северной границе тимуридского государства. Абу-Саид, как было сказано, пустился за ним в погоню до Таласа. Есен-буга еще раз атаковал тимуридскую империю со стороны Андижана в Фергане. Тогда Абу-Саид решил разделить силы дома Чагатаидов. Он вызвал из Персии, из Шираза, где тот жил в изгнании, Юнуса, старшего брата Есен-буги, и дал ему войско для борьбы с тем. Получив такую поддержку, Юнус добился признания себя ханом западной части Моголистана, в районе Или, тогда как Есен-буга остался правителем восточных областей: Аксу, Юлдуса и Уйгуристана (1456). Чуть позже Юнус попытался также подчинить и Кашгар. Владетель Кашгара, дуглатский эмир Кашгара Саид Али позвал на помощь Есен-бугу. Тот примчался из Юлдуса, соединил свои войска с войсками Саида Али, и вдвоем они обратили Юнуса бегство в Хван-и Саларе, на северо-востоке Кашгара, на дороге из Аксу. Покинутый всеми, Юнус бежал в Трансоксиану к Абу-Саиду за помощью, получив которую смог поправить свои дела в районе Или и Иссык-Куля.

Есен-буга, оставшийся властителем Аксу, района Юлдуса и Моголистана, умер в 1462 г. Его сын Дуст Мухаммед, неопытный молодой человек (ему было всего семнадцать), поссорился с муллами из-за своего безнравственного образа жизни и с могущественной семьей Дуглатов из-за того, что ограбил Кашгар. Он умер очень вовремя, до того, как вспыхнул всеобщий мятеж против него. Его дядя Юнус, хан Или и Иссык-Куля, тотчас же завладел Аксу, городом, который в ту пору считался «столицей» Моголистана. Сторонники Дуст-Мухаммеда спасли его маленького сына Кебека II и увезли в Уйгурию, в Карашар (Джалих), где провозгласили его ханом. Но четыре года спустя те же сторонники убили ребенка и принесли его голову Юнусу. Хотя это убийство сделало Юнуса единственным властителем всего Моголистана, он выразил лишь отвращение к убийцам, которых приказал казнить (1472).