При хане Кучкунджи (1510–1530), дяде Мухаммеда Шейбани, узбеки отобрали у Персии часть Хорасана с Мешхедом и Астерабадом (1525–1528). Персидский шах Тахмасп (1524–1576) отбил у них эту область после победы, которую одержал над ними 26 сентября 1528 г. близ Турбет-и Шейх-Джем, между Мешхедом и Гератом. Тимурид Бабур, ставший в 1526 г. султаном Индии, попытался воспользоваться разгромом узбеков, чтобы отобрать у них Трансоксиану. Его сын Хумаюн в союзе с Тахмаспом занял Хисар, к северу от Амударьи, но вынужден был оставить город, когда Тахмасп покинул этот театр военных действий, чтобы сосредоточить силы на западе, на войне против османов (1529). Кучкунджи в год своей смерти (1529–1530) отбросил персов и Тимуридов на юг от Амударьи. Хан Убайдулла (1533–1539), племянник Мухаммеда Шейбани и Кучкунджи, успешно противостоял персидскому шаху Исмаилу II. Абдулла II, самый выдающийся из Шейбанидов после Мухаммеда Шейбани, объединил владения семьи, раздробленные между его родственниками. Таким образом он стал владыкой Бухары в 1557-м, Самарканда в 1578-м и Ташкента в 1582 г. Сначала правивший от имени своего отца Искандера (1560–1583), он царствовал самостоятельно с 1583 по 1598 г. Чтобы обезопасить Трансоксиану от набегов киргиз-кайсаков, он весной 1582 г. совершил поход в степи Младшего жуза до гор Улутау, между Сарысу и Тургаем. Также он совершил поход в Кашгарию, в ходе которого разорил территории Кашгара и Яркенда. Наконец, он на некоторое время отвоевал у Персии Хорасан, включая Герат, сдавшийся после девятимесячной осады, Мешхед – священный для шиитов город, который не сумел удержать юный шах Аббас и который узбеки, как правоверные сунниты, добросовестно ограбили, уничтожив часть населения. Абдалла II отнял у Персии даже Нишапур, Себзевар, Эсфарайен и Тебес – короче, все хорасанские города от Герата до Астерабада. Что же касается Балха, он с 1582 г. был вице-королевством, созданным для Абдалмумина, сына Абдуллы.

Но в последние годы удача отвернулась от Абдуллы II. В 1597 г. персидский шах Аббас Великий близ Герата одержал над узбеками крупную победу, которая освободила от них Хорасан. Сын Абдуллы Абдалмумин поднял против отца мятеж, и киргизы воспользовались этими раздорами, чтобы разграбить земли вокруг Ташкента. Абдулла умер в начале 1598 г., успев увидеть, как рушится дело его жизни. Наследовавший ему Абдалмумин был убит через шесть месяцев. Это стало концом династии Шейбанидов.

Итак, эта династия правила Трансоксианой чуть меньше века. За это время она сумела восстановить власть Чингизидов над Бухарой и Самаркандом. Но каждый раз – при Мухаммеде Шейбани и при Абдулле II – едва она считала возможным ступить на иранскую землю, в Хорасан, персидские шахи отбрасывали ее назад. Можно сказать, что, когда выстраивались империи, две страны разделились по этническому принципу – Персия осталась персам, а Туркестан – тюркам.