После отъезда Басса в Англию в мае 1799 г. Флиндерс недолго оставался в колонии. Хантер послал его на «Норфолке» теперь уже на север для  исследования залива Мортон, где сейчас расположен город Брисбен, и залива Херви. Они были открыты Куком, но он не заходил в них. Хантер надеялся, что будут обнаружены впадающие в заливы судоходные реки. Команда судна была в основном та же, что и в предыдущем плавании. Дополнительно в нее были включены брат Флиндерса гардемарин Сэмюэл Флиндерс и абориген по имени Бонгари как переводчик при возможных встречах с коренными жителями континента.

«Норфолк» покинул Сидней 8 июля, а через шесть дней вошел в залив Мортон. Почти сразу после высадки на берег англичане встретили аборигенов, но контакта с ними, несмотря на все усилия Бонгари, установить не удалось. Результаты гидрографических изысканий Флиндерса были также весьма неутешительны. Никаких рек он не обнаружил. В отчете о плавании Флиндерс утверждал, что на восточном побережье континента между 24° и 39° южной широты нет ни одной реки. Несомненно, он был бы очень огорчен, если бы дожил до времени, когда была открыта река Кларенс протяженностью 240 миль, не говоря уж о реке Брисбен, впадающей непосредственно в залив Мортон.

20 августа «Норфолк» вернулся в Сидней, где Флиндерс прожил полгода. Об этом периоде его жизни ничего не известно. Сохранилось лишь распоряжение Хантера от 1 января 1800 г. о передаче в собственность «Мэтью Флиндерса, лейтенанта с «Уверенности», земельного участка размером 300 акров в районе Бэнкстауна».

В начале 1800 г. Хантер решил отправить «Уверенность» в Англию. Судно было в плачевном состоянии: дерево гнило, во многих местах зияли щели. Использовать его в колонии уже было невозможно. 3 марта 1800 г. «Уверенность» покинула Порт-Джексон, а 26 августа 1800 г. подошла к Портсмуту. Шесть с половиной лет Флиндерс не был в Англии. Он многое испытал, многое увидел, сделал важные открытия. Но главное дело всей его жизни было впереди. И начал его Мэтью Флиндерс менее чем через год после возвращения на родину.

Вокруг Австралии

Вокруг Австралии

В 1800 г. Флиндерсу было 26 лет, и он прослужил в британском флоте уже десять лет. Внешне казалось, что работа целиком поглощала его, что все помыслы молодого человека были сосредоточены на успешном продвижении по службе. Не удовлетворенный скромным званием младшего лейтенанта, Флиндерс по дороге на родину сдал в Кейптауне экзамены на более высокий чин, который по приезде его в Англию был утвержден Адмиралтейством.