Когда неделю спустя Флиндерс принял командование судном, его уже начали переоборудовать для предстоящего плавания. Флиндерс с помощью президента Королевского общества Бэнкса получил разрешение Адмиралтейства на полный контроль за ходом этих работ, а также за подбором экипажа, оснащением судна различным исследовательским оборудованием, покупкой и погрузкой продовольствия.

Флиндерс скрупулезно следил за снаряжением судна в далекий и трудный путь. Был взят запасной руль, оборудованы дополнительные баки для пресной воды. Для того чтобы освободить для них место, десять крупнокалиберных пушек были заменены на легкие орудия. Флиндерс распорядился погрузить на корабль большое количество лимонного сока, уксуса, кислой капусты как противоцинготных средств.

Одновременно Флиндерс с большой тщательностью отбирал команду корабля. Желающих принять участие в экспедиции было очень много. Однажды Флиндерс сказал, что хотел бы посмотреть одиннадцать человек, а пришло двести пятьдесят. О Флиндерсе шла слава не только как об опытном навигаторе, но как и о гуманном человеке, хотя и требовательном. К тому же нельзя не учитывать, что в это время шла война, поэтому куда спокойнее было отправиться в плавание к берегам Новой Голландии, чем принимать участие в морских сражениях в европейских водах. Так что у Флиндерса был большой выбор, и он не преминул этим воспользоваться.

Прекрасно был подобран научный состав экспедиции: ботаник Роберт Браун, картограф Уильям Уэстолл и художник Фердинанд Бауэр. Все они, как и Флиндерс, были люди молодые. Самым юным из них был Бауэр, которому исполнилось лишь девятнадцать лет. На должность второго лейтенанта Флиндерс пригласил своего брата Сэмюэла.

Во время подготовки экспедиции Дж. Бэнкс был для Флиндерса добрым гением. Он вовремя вступал в дело, устраняя возникавшие препятствия, оказывал нужную помощь и поддержку. Это ускоряло ход подготовительных работ. А времени было мало. Чтобы быть на месте в наиболее благоприятное для экспедиции время, «Исследователь» должен был прийти в Порт-Джексон в декабре 1802 г., т. е. через одиннадцать месяцев после назначения Флиндерса капитаном корабля. По крайней мере половину этого времени должна было занять плавание. На отбор экипажа и снаряжение судна у Флиндерса оставалось не более пяти месяцев. Время для Англии было трудное, французская угроза становилась все серьезнее. Доставать все необходимое для экспедиции было очень сложно.

15 марта Флиндерс сообщил Адмиралтейству, что корабль почти готов к плаванию и что он надеется отправиться в Новую Голландию через месяц.