Инквизицию, правда, создавать не стали — для Византии такое новшество было перебором, но подключили монахов с Афона, где существовала «Афонская монашеская республика», конфедерация монастырей, объединенная общепринятыми правилами, вольностями пожалованными прежними императорами и взглядами на теологию. Фактически Афон был православным «Орденским государством», вассальным василевсу, под управлением аналога католического ордена, организационно сходным с цистерианцами, включал в административном плане и отшельников, и лавры (объединение отшельников), и монастыри привычного латинянам типа — с коллективом монахов и обязательным привлечением к труду. Монахи Афона на описываемое время отличались склонностью к духовному совершенствованию и исихазму (мистический христианский аскетизм, на основе пути человека к единению с богом через психофизический самоконтроль, медитация на основе молитвы Иисусовой и глубоко эзотерическая теория), требуемыми моментом подвижничеством и трудолюбием (нищенство богомилы и их паства не одобряли), поддержкой научного поиска и интернационализмом. Там и в XIII веке продолжали существовать монастыри разных наций (русский, грузинский и даже итальянский — «Амальфиканский»), а братья делились не по этническому признаку или подданству, а по языку, что в те века вполне логично, поскольку с национальным и государственным определением было весьма расплывчато, отчего, к примеру, католический рыцарский орден Иоаннитов эту практику позаимствовал. В отличие от белого православного духовенства Афон придерживался позиции единой с католиками церкви, несмотря на расколы, отлучения и войны католиков с православными. Республика подчинялась патриарху лишь в ряде вопросов, в остальном самоуправлялась, формально контролируясь василевсом, отчего в ответственные за борьбу с ересью подходила наилучшим образом.

Византийское монашество, как и римское, выдвинуло на передний край святого. Савва Неманич, как и его западный коллега Доминик, кроме знания теологии, стремлений к подвижничеству и таланта проповедника, обладал организаторскими способностями, а кроме того являлся сыном упоминавшегося Стефана Немани, ныне покойного сербского вождя и борца за независимость. Савва в юности сбежал от отца и мирской жизни на Афон, ушел от высланной погони, принял постриг, когда преследователи уже стояли под стенами монастыря, вел суровую жизнь отшельника и монаха в коллективе, молился, трудился и разделял воззрения исихастов. Затем примирился с Неманей и основал сербский монастырь на Афоне, потом еще один в Сербии, слыл человеком строгих правил и образа жизни, твердым сторонником Византии и православия, беспощадным к врагам церкви, но признающим единство с Римом. Савва успешно провел ряд дипломатических миссий, приобрел известность и популярность в Сербии и обладал неплохими связями в Константинополе, как во дворце, так и в патриаршей резиденции, а заодно разбирался в каноническом праве. Вот этот обладатель многих талантов, и возглавил идеологическую борьбу с богомилами. Он получил пост архиепископа Охридского, затем надзор за епископами всех Балкан, включая спорное побережье Далмации (оно традиционно относилось к итальянскому — и католическому, епископату Бари, что во времена расколов порождало регулярные споры).