В апреле 1894 г. обе палаты английского парламента провозгласили протекторат над Бугандой. В марте 1894 г. был подписан временный договор с Касагамой, правителем Торо. Омукама взял обязательство не уступать территории третьему государству и не заключать с ним договоров без разрешения Англии. Он изъявил готовность платить дань и содержать английские гарнизоны. В августе 1894 г. подобный договор был заключен с Нтаре-омугабе Нкоре. Но Нтаре не согласился с созданием английских фортов на своей территории.

Не все правители земель Уганды, были согласны, что белые чужаки ведут себя на их землях как хозяева. Правитель Буньоро омукама Кабарега, во-первых отказывался принять протекторат Англии; во-вторых, предъявлял свои права на Торо, в котором на престоле сидел английский ставленник — Касагама; в-третьих, предоставлял убежище мусульманам-баганда.

В мае 1893 г. британский комиссар Британской восточной Африки Дж. Портал покинул Буганду. Обязанности комиссара стал исполнять майор Макдональд, который подготовил план военной кампании против Буньоро. Он предложил блокировать Буньоро, перерезать его торговые пути и таким образом лишить его доступа к огнестрельному оружию и боеприпасам.

В ноябре 1893 г. в Кампалу прибыл новый английский комиссар, полковник Колвайл. Он одобрил план и действия Макдональда. В декабре начались военные действия против Буньоро. Силы Колвайла поддержала бугандийская армия. Через два месяца англо-бугандийским соединениям удалось овладеть столицей и рассечь буньорскую территорию надвое.

В 1894 г., омукаме Кабарега пришлось уйти из Буньоро. В ноябре 1894 года карательной экспедиции удалось скрытно напасть на лагерь Кабареги, но омукама с большим трудом сумел спастись. Самой тяжелой потерей для него было то, что в руки бриганского командования попали знаки власти омукамы — копья и барабан каджумба, а также его трон. Они были пересланы Колвайлу, который затем с гордостью доставил их в Англию. Англичане посчитали, что он разгромлен и согласится на капитуляцию. Колвайл приказал разделить Буньоро цепью фортов и поместил информацию об этом в "Тайме", опубликованную 11 апреля 1895 года. "Буньоро… можно рассматривать в качестве полезного союзника. Цепью фортов я разделил страну на две части — дружественную и недружественную". Один из этих фортов, Хоима, стал впоследствии столицей дистрикта Буньоро в протекторате Уганда. В этот период Кабарега не раз терял надежду и дважды пытался заключить с европейцами мир. Но его предложения отклонялись. К тому же от него понемногу начали откалываться напуганные соратники — сначала один из его военачальников, Бьябачвези, потом другой, Рвабудонго, после неудачного для Кабареги нового сражения в 1895 году, когда была захвачена в плен и его мать Ньямутахингурва. Об этом "Таймc" писал 1 ноября 1895 года: "Король Уньоро все еще опасен… Экспедиция, посланная против него, состояла из сильного соединения баганда… Она дошла до Нила, главным результатом ее было пленение матери Кабареги и юного принца… Престижу короля нанесен громадный урон в результате пленения его матери, которая имеет в стране большое влияние. Она — невероятно толстая женщина, настолько толстая, что не способна сама ходить, и ее надо носить… Вождь Уньоро по имени Лвабудонго, премьер-министр Кабареги, сдался, и ему предоставлено место в Торо, где он будет жить под властью дружественного уньорского вождя. Если бы Кабарегу удалось пленить, вся уньорская проблема была бы снята… Кабарега поклялся, что никогда больше не посмотрит в лицо белого человека. Сейчас ему ничто не может помешать вернуться в северную часть страны".