Однако англичане поторопились объявить себя победителями. Кабарега продолжал воевать с англичанами и после того, как 3 июля 1896 года Буньоро было официально провозглашено британским протекторатом. Однако баньоро продолжали считать его своим властителем и подчиняться его приказам. Осенью того же года он отдал приказание уничтожить весь урожай на севере Буньоро, чтобы оставить без фуража и продовольствия неприятельские силы; этот приказ был беспрекословно выполнен, хотя грозил голодом самим баньоро. И даже тогда, когда в 1898 году английские власти объявили о смещении Кабареги с трона и провозгласили омукамой Буньоро его сына Китахимбву, Кабарега оставался для подданных единственным законным омукамой. Кабарега до самого своего пленения возглавлял партизанскую войну против англичан и их местных союзников.

Британцы и их союзники баганда довели хозяйство Буньоро до крайнего упадка. Некогда богатейшая в Восточной Африке страна была разорена. Англичане и солдаты баганда грабили, сжигали деревни, убивали людей. Прекратились сельскохозяйственные работы и торговля. Верхушка баганда добилась от англичан передачи Буганде лучших земель Буньоро, в том числе области Мубенде — исторического центра государства.

Важную роль в подчинении земель Уганды играли англиканские и католические миссионеры. Англиканское и католические миссии распространяли свою деятельность из Буганды на другие области. В конце XIX в. они основали станции в Буньоро, Торо, Бусоге, Нкоре. В самой Буганде они готовили проповедников из баганда, которые работали на родине и среди соседних народов. Часто случалось, что проповедники-баганда приходили в восточные, северные, западные области протектората раньше, чем белые миссионеры. Некоторые баганда получили духовный сан.

В июле 1897 г. восстал кабака Мванга, не смирившийся с утратой власти и хозяйничаньем чужеземцев в Буганде. В ночь на 5 июля он бежал в провинцию Будду. Его поддержала группа сторонников, давно готовившая восстание. К Мванге стали стекаться баганда из других областей Буганды. Боясь, что пожар восстания охватит всю страну, колонизаторы направили против мятежного кабаки 500 суданских наемников и силы своих союзников из верхушки Буганды. Отряды Мванги не устояли. Кабака бежал на территорию Германской Восточной Африки (ГВА), где был интернирован. А повстанцы укрылись в Нкоре.

Заручившись поддержкой противников Мванги, исполняющий обязанности комиссара Т. Тернан в августе 1897 г. сместил мятежного кабаку и объявил кабакой его годовалого сына Дауди Чву, Форин оффис поспешил утвердить этот акт. Было решено, что во время несовершеннолетия кабаки дела Буганды будут находиться в ведении трех регентов: англиканского катикиро А. Кагвы, католического катикиро С. Мугваньи, крупного сановника 3. Кисингири (англиканина).