Одновременно с этим, штурмовые роты ротмистра Баранова под непрерывным градом вражеских пуль, картечи, камней и даже бревен бросаемых со стен защитниками Ходжента в русских солдат, сумел приблизиться к крепости и без всякой задержки начать штурм. Охваченные порывом ярости атаки, не обращая на гибель своих товарищей, русские солдаты сумели быстро подняться на стены и своими штыками сбросить кокандцев вниз.

Не давая противнику опомниться, солдаты ротмистра Баранова спустились со стен, взломали ворота, и впустили в город солдат доставивших к воротам Ходжента легкие пушки. Как и при штурме Ташкента в передних рядах наступающих войск был протоирей Малов, который словами и своим доблестным примером ободрял солдат к исполнению их долга, и те охотно слушали слова священника.

Сломив нестройное сопротивление врага сразу за крепостными стенами, русские штурмовые роты неожиданно наткнулись на новое препятствие на своем пути к полной победе. Как всякий среднеазиатский город, Ходжент имел вторую внутреннюю стену, за которой успела укрыться половина кокандского гарнизона, явно не собирающаяся сдаваться на милость победителя. Об этом свидетельствовал хаотичный оружейный огонь со стен цитадели по русским солдатам, становившийся с каждой новой минутой все организованней и злее.

Капитан Михайловский, чья колонна первая вышла к воротам цитадели, с большим нетерпением дождался той минуты, когда сюда будут доставлены пушки и зарядные ящики и можно будет начать бомбардировку противника. Старые, оббитые толстыми листами железа ворота цитадели, не смогли долго противостоять русским ядрам и бомбам. Не прошло и получаса, как они рухнули на землю, открывая дорогу рвущимся к победе орлам генерала Перовского.

Загнанный в угол гарнизон, оказал бешеное сопротивление. Каждый дом, каждую улицу и перекресток ходжентской цитадели приходилось брать с боем, оставляя после себя только одни трупы. Разъяренные отчаянным сопротивлением врага, штурмовики в свою очередь не проявляли жалости к защитникам Ходжента, платя смертью за смерть. Лишь только к вечеру затихла перепалка яростной стрельбы, время от времени продолжая нарушать тишину одиночными выстрелами.

При защите Ходжента кокандцы потеряли до трех с половиной тысяч убитыми, чьи тела приходилось хоронить в течение недели, тогда как потери Перовского составили сто тридцать семь убитых и раненых.

С падением Ходжента путь на Коканд армии Перовского был открыт, но в этот момент в дело неожиданно вмешалась третья сила в лице бухарцев. Возможно, правитель Бухары просто хотел напомнить русским о своем присутствии или хотел нанести коварный удар в спину, что для жителей востока вполне обычное занятие. Так или иначе, но уже на второй день после взятия Ходжента пришли тревожные вести.