Последним по хронологии в этом поколении надо упомянуть известный комплекс «Пионер» (РСД-10). Хотя развертывание комплекса началось в 1977 году, старт разработки приходится на 1965–1968 годы. Первые летные испытания состоялись в 1974 году. Боевую часть комплекса разработал ВНИИЭФ, заряд — ВНИИТФ.

В середине 1960-х годов в СССР началась и разработка ракетных комплексов третьего поколения с разделяющимися головными частями индивидуального наведения: PC-16, PC-18 и РС-20. В них применены следующие новшества: автономная система управления с бортовой вычислительной машиной, возможность дистанционного перенацеливания перед пуском, наличие на ракетах более совершенных средств преодоления ПРО, более высокая боевая готовность, повышенная живучесть комплексов (они могли выдерживать более высокое давление, а также противостоять воздействию электромагнитных помех, включая электромагнитный импульс).

Из двенадцати модификаций этих комплексов, ставших на вооружение в 1975 году, силами ВНИИТФ лишь в одном был разработан заряд и в двух — боевая часть. В остальных вариантах разработки имели авторство ВНИИЭФ.

Продолжалась работа и по созданию зарядов для торпед и атомных подводных лодок. Были созданы и приняты на вооружение первые стратегические комплексы с ядерными зарядами (надводный и подводный старты). В 1966 году был принят на вооружение комплекс Р-5 в составе подводной лодки с ракетой Р-27 и зарядом, разработанным во ВНИИЭФ (мощность около одной мегатонны).

Деятельность Б. Г. Музрукова на посту директора ВНИИЭФ связана и с развитием одного из ключевых направлений в области современных вооружений — стратегических ядерных сил морского базирования.

В рассматриваемый период времени были продолжены разработки для военной авиации. В состав ВВС вошли дальняя ракета с тремя типами ядерного оснащения и противолодочная ракета. Заложены основы для развития эффективной (в условиях массированных авиационных ударов) системы ПВО. На вооружение были поставлены комплекс ближнего перехвата, высокоскоростная система ПВО дальнего радиуса действия. Была создана система для защиты войск от средств воздушного нападения. Все перечисленные вооружения имели ядерное оснащение.

Таким образом, мы видим, что периоде 1955 по 1975 год, почти полностью совпадающий со временем директорства Б. Г. Музрукова, характеризуется огромной работой ВНИИЭФ в области создания зарядов военного назначения и боевых блоков. В том, что коллектив успешно справился с ответственными и срочными государственными заданиями, большая заслуга его руководства и Бориса Глебовича.