В то же время проводимые хозяйственные, политические и культурные меры слабо сказывались на улучшении жизни населения, а то и ущемляли его интересы. Например, в Литве коллективизация проводилась насильственными методами, разрушалось налаженное хуторское хозяйство. В кадровой политике центральные власти проводили русификаторскую политику. Стало общепризнанной практикой, когда руководящие партийные и советские посты в этих регионах занимали выходцы из России.

Берия предложил, а Президиум ЦК закрепил своим постановлением реализацию ряда мер. Было выдвинуто обоснованное требование смелее выдвигать на руководящую работу национальные кадры. (Берия своей властью начал этот процесс с органов МВД союзных республик.) Должна была расшириться сфера применения национальных языков, в том числе в преподавании учебных дисциплин в средних и высших учебных заведениях. Особое внимание следовало уделить привлечению на сторону советской власти национальной интеллигенции. Берия даже попытался наладить контакты с представителями западноукраинской интеллигенции, находящимися в эмиграции.

Министр внутренних дел и в подготовке этих предложений опирался на подчиненные органы, что вызвало дополнительный гнев со стороны партийных функционеров. При этом он требовал приводить вопиющие факты и делать категоричные выводы. Технологию подготовки докладной записки по Литве уже после ареста Берии раскрыли привлеченные к этой работе руководящие работники МВД Литвы Кондаков, Мартавичюс и Гайлявичюс, хотя не исключено, что они подыгрывали общему настрою: «Докладная записка была весьма самокритичная… но Берия она не удовлетворила. Он обвинил нас в сокрытии действительного положения в Литве. Берия обругал нас самой низкопробной бранью, пригрозил и заставил переделать в угодном ему духе, то есть раздуть состояние действующего националистического подполья и руководящих центров, католического духовенства, показать их массовыми, стройно организованными и централизованными, находящимися вне поля нашего зрения. Что касается националистического подполья, такого положения у нас в республике нет, но мы вынуждены были так это подполье описать, как хотелось Берия».

На июльском пленуме предложения Берии, касавшиеся национального вопроса, были охарактеризованы как вредительские, а принятые по его запискам постановления ЦК — отменены. «Возьмем вопросы Латвии, Литвы, Западной Украины. Теперь для нас ясно, что это была, безусловно, попытка нанести удар ленинско-сталинской национальной политике и морально-политическому единству советского народа», — эту оценку Булганина зал встретил репликами: «Правильно». Однако участники высокого собрания не могли не признать назревший характер проблемы дружбы народов, поэтому прибегали к различного рода маневрам, чтобы затушевать роль Берии в ее постановке. Например, первый секретарь ЦК КП(б) Литвы А.Ю. Снечкус заявил, что первым относительно необходимости выдвижения национальных кадров высказался не кто иной, как Маленков.