В 1907 году ему снова пришлось выступать на заседании уже II-й Государственной думы, Столыпин обещал и далее всемерно бороться с революционным движением в России. Поддержавший его депутат-черносотенец В.М. Пуришкевич в своей речи в защиту военно-полевых судов (12 марта 1907 г.) сказал: «А где убийцы, все ли они вздернуты и получили муравьевский галстух?»

Эта фраза возмутила члена партии кадета Ф.И. Родичева, и он в свою очередь сказал с трибуны: «В то время, когда русская власть находилась в борьбе с эксцессами революции, только одно средство видели, один палладиум в том, что г. Пуришкевич называет муравьевским воротником и что его потомки назовут, быть может, столыпинским галстуком». За эту запальчивую фразу Родичеву запретили появляться на 15 последующих заседаниях Думы, а Столыпин даже вызвал его на дуэль. Но она не состоялась – депутат извинился перед премьером.

Разумеется, как премьер-министр, Столыпин нес ответственность за все казни, которые санкционировало его правительство. И таких казней было много. По приговорам военно-полевых и военно-окружных судов взошли на эшафот 2800 человек. Суды проходили в ускоренном порядке, без адвокатов, казнь назначалась в тот же день. Но в то же время в терактах, организованных эсерами, и просто во время стихийно возникших бунтов по самым скромным подсчетам погибли 18 000 человек, многие из которых случайные жертвы. Конечно, убийства не служат оправданием для других убийств, но в атмосфере всеобщего страха многим такие меры казались логичными и необходимыми.

Сам Столыпин на упреки Думы отвечал: «Для меня дело стоит так: если я признаю нежелательным известное явление, если я признаю, что власть должна идти об руку с правом, должна подчиняться закону, то явления неправомерные не могут иметь места. Мне говорят, что у меня нет должного правосознания, что я должен изменить систему, – я должен ответить на это, что это дело не мое. Согласно понятию здравого правосознания мне надлежит справедливо и твердо охранять порядок в России». Парламентарии ответили ему шумом и свистками. Столыпин продолжал, как ни в чем не бывало: «Этот шум мне мешает, но меня не смущает и смутить меня не может. Это моя роль, а захватывать законодательную власть я не вправе, изменять законы я не могу. Законы изменять и действовать в этом направлении будете вы». Парламентарии ответили ему криками «Отставка!».

Витте тоже считал, что Столыпин не так уж законопослушен, что он использует ссылку на законы когда и как ему угодно. «Одним словом, законы это одна вещь, а исполнение их другая, – пишет он. – Мало ли что говорится хотя бы в законах и Государевых актах! Это лозунг, введенный Столыпиным, которого правительство, хотя и с меньшим нахальством, нежели при Столыпине, держится и поныне и будет впредь держаться, покуда не произойдет чего-либо особого!»