Скоро Александр I перестал даже «иметь вид», что готовит преобразования. С 1816 года в стране насаждались военные поселения, в которые были переведены 150 тысяч солдат и почти 400 тысяч государственных крестьян, чтобы армия сама себя кормила и воспроизводила (дети женатых солдат и военных поселян зачислялись в армейскую службу). Военные поселения, каждое со своим общественным «магазином»-складом, кирпичным мастером и повивальной бабкой, по замыслу создателей, должны были стать не только средством содержания армии, но и образцом для устройства жизни в России: на их прямых улицах стояли в линию типовые дома, а жизнь их обитателей была подчинена военному распорядку; «поселенные» солдаты в обязательном порядке получали жён по жребию.

На первое место в управлении империей выдвинулся генерал, граф, сенатор и фактический руководитель Государственного совета Алексей Андреевич Аракчеев, заведовавший личной канцелярией Александра I. В его руках сосредоточились все сколько-нибудь важные государственные дела: подготовка законопроектов, надзор за органами центрального и местного управления, назначения, награды и пенсии. С 1815 года министры были лишены права личного доклада царю и обращались к нему через Аракчеева.

Но это не означало, что император устранился отдел и передал всю власть «всесильному временщику». Аракчеев прежде всего был его доверенным лицом, строгим и неподкупным исполнителем его предписаний, регулярно предоставлял отчёты о своих действиях и даже предъявлял полученные им письма, а в ответ получал точные инструкции, иногда даже черновики ответов на деловые бумаги и прошения, которые просто переписывал от своего имени. Сам император определил роль Аракчеева в разговоре с адъютантом: «Ты не понимаешь, что такое для меня Аракчеев. Всё, что делается дурного, он берёт на себя; всё хорошее приписывает мне».

Создание Министерства духовных дел и народного просвещения привело к изгнанию из Казанского и Петербургского университетов передовых профессоров и введению суровой дисциплины для предохранения студентов от «всеразрушающего духа вольнодумства». Не забывал царь и про полицию. При петербургском военном губернаторе была учреждена Тайная полицейская экспедиция для выявления «предметов и деяний, клонящихся к разрушению самодержавной власти». В 1805 году родился секретный Комитет для совещания по делам, относящимся к высшей полиции, через два года его сменил Комитет охранения общественной безопасности, опять-таки нацеленный на борьбу против французских происков и тайных обществ — иллюминатов и мартинистов. В 1811—1819 годах действовало уже целое Министерство полиции, опиравшееся на особые органы, существовавшие при обер-полицмейстерах обеих столиц. Помимо перечисленных инстанций, отдельный орган политического сыска имелся на юге страны — им руководил начальник южных военных поселений граф И. О. Витт. Начальство требовало от полицейских: «...одеваясь по приличию и надобностям, находиться во всех стечениях народных между крестьян и господских слуг; в питейных и кофейных домах, трактирах, клубах, на рынках, на горах, на гуляньях, на карточных играх, где и сами играть могут, также между читающими газеты — словом, везде, где примечания делать, поступки видеть, слушать, выведывать и в образ мыслей проникать возможно».