В июне 1824 года, во время воинского смотра узнав о смерти своей любимой семнадцатилетней внебрачной дочери Софии, император страшно побледнел; однако не прервал занятий и только сказал: «Я наказан за все мои прегрешения». Приближённые Александра отмечали, что он становился всё мрачнее, стал чаще уединяться. «Возносясь духом к Богу, — писал император в 1818 году графине Софье Соллогуб, — я отрешился от всех земных наслаждений. Призывая к себе на помощь веру, я приобрёл такое спокойствие, такой мир душевный, какие не променяю на любые блаженства здешнего мира. Если бы не эта вера, святая, простая, чистая, которая только одна вознаграждает меня за все тяготы, сопряжённые с моим званием, что другое могло бы дать мне силы к перенесению его бремени? Обязанности, налагаемые на нас, надо исполнять просто...»

Одно время царь увлёкся мечтами об «общеевропейской религии» и проявлял интерес к христианским объединениям (чешским «моравским братьям», английским квакерам) и учениям мистиков вроде И. Г. Юнга-Штиллинга, предвещавшего конец истории в 1836 году. С 1813 года под покровительством государя развернуло свою деятельность Библейское общество, целью которого было распространение христианского учения и обеспечение «всякого христианского вероисповедания Библиями тех самых изданий, которые почитаются исправнейшими; доводить Библию до рук азиатских в России народов из магометан и язычников состоящих, каждому равномерно на его языке...». С 1813 до 1826 года было издано свыше полумиллиона экземпляров Ветхого и Нового Завета на сорока одном языке. Министерство духовных дел и народного просвещения руководило одновременно делами всех конфессий в России, школами и университетами. Однако православные иерархи были недовольны присутствием в Обществе католических и протестантских проповедников. В 1824 году близкие к Александру архимандрит новгородского Юрьева монастыря Фотий и Аракчеев уговорили его остановить деятельность Библейского общества и ликвидировать необычное министерство.

Благочестивый государь стремился улучшить положение духовенства, чтобы усилить его нравственное влияние. Была создана система подготовки кадров: уездные духовные училища, духовные семинарии, духовные академии. Приходское духовенство и монастыри были освобождены от поземельного налога и прочих натуральных и денежных повинностей и от воинского постоя; увеличены постоянные оклады священников и причта. Но при этом Церковь оставалась под бдительным государственным контролем: царские указы окончательно отменили право выбора прихожанами приходских священников. Не случайно граф Аракчеев в 1825 году передал министру внутренних дел «высочайшее повеление» всем губернским властям: не допускать, чтобы традиционное угощение священника сопровождалось приведением его «в нетрезвое положение», поскольку «случалось, что быв оные напоены допьяна, от таковых угощений некоторые из них, духовных, скоропостижно умирали».