Когда в 1917 году комиссия Временного правительства изучала бумаги Министерства императорского двора, то выяснилось, что на счетах бывшего царя в государственных и частных банках лежало 93,5 миллиона рублей; эти деньги, а также земли, дворцы и коронные драгоценности были весной 1917 года национализированы. От отца Николай унаследовал счёт в Банке Англии (в 1900 году на нём было 193,7 тысячи фунтов стерлингов) — на него зачислялись доходы от ценных бумаг, держателем которых был император. Но к 1917 году царские вклады в английских банках были потрачены на закупку вооружения и санитарного оборудования в годы Первой мировой войны.

В империи не было правительства в современном смысле: каждый министр назначался царём и нёс ответственность только перед ним. Не было даже точного порядка принятия законов — они могли проходить обсуждение в Государственном совете или вводиться личным распоряжением монарха.

Возлагаемые на молодого царя надежды скоро рассеялись. 13 января 1902 года в газете «Россия» появился хлёсткий фельетон писателя и критика Александра Амфитеатрова «Господа Обмановы» — обидная сатира на царскую семью, где в числе прочих был выведен и наследник родового поместья Большие Головотяпы Ника-Милуша с «фантастической сумятицей в голове» и большой мечтой подарить колье любимой мадемуазель Жюли. Дерзкий автор был отправлен в Минусинск, а газета закрыта. Но тем самым власть показала, что адресаты себя узнали, а её реакция была воспринята как произвол и только добавила симпатий критикам.

В 1902 году начались массовые волнения крестьян на Украине — современные историки считают их началом «крестьянской революции» в стране. Экономические стачки рабочих перерастали в политические; в 1903-м состоялась первая всеобщая забастовка на юге страны; «беспорядки» происходили в Баку, Саратове, Вильно. При «усмирении» стачки рабочих Златоустовского завода на Урале было убито 45 человек. Вновь подняли голову разгромленные было революционные организации: возникли подпольные партии социал-демократов и социалистов-революционеров. От рук террористов погибли министр народного просвещения Н. П. Боголепов (1901), министры внутренних дел Д. С. Сипягин (1902) и В. К. Плеве (1904), уфимский губернатор Н. М. Богданович (1903), финляндский генерал-губернатор Н. И. Бобриков (1904).

Наиболее дальновидные политики, например министр финансов С. Ю. Витте, сознавали, что общественное развитие невозможно остановить репрессиями и «мерами полицейского воздействия» и необходима модернизация в политической сфере. Но манифест 1903 года «О предначертаниях к усовершенствованию государственного порядка» объявил только об отмене круговой поруки в крестьянской общине, обещая реформу местной администрации и требуя соблюдения существовавших законов. Из проекта манифеста Николай II вычеркнул обещание предоставить свободу слова и совести. В 1904 году при Министерстве внутренних дел был учреждён Совет по делам местного хозяйства, к работе которого привлекались представители земств и городов — для правительства это был предел радикализма накануне революции.