Одним из первых законов нового царствования стало утверждение 29 апреля 1896 года бело-сине-красного национального флага. Под этими полотнищами прошла коронация императора Николая II; участникам церемонии раздавались трёхцветные нагрудные ленточки.

Торжество состоялось 14 мая 1896 года в Москве; государь был в полковничьем Преображенском мундире, а его супруга — в роскошном платье из парчи (само платье весило десять килограммов и ещё 13 — мантия). Встав с трона Ивана III, Николай возложил на себя корону, затем отстоял литургию, принял миропомазание и причастие. Он почувствовал себя помазанником Божьим и поверил в счастливую будущую жизнь — «мирно-трудовую», как записал в дневнике. Древний обряд в кремлёвском Успенском соборе сочетался с новинками технического прогресса. «В 9 часов вечера, — вспоминала Матильда Кшесинская, — когда государь с императрицей вышли на балкон дворца, обращённый на Замоскворечье, императрице был подан букет цветов на золотом блюде, в котором был скрыт электрический контакт, и как только императрица взяла в руку букет, тем самым замкнулся контакт и был подан сигнал на центральную электрическую станцию. Первой запылала тысячами лампочек колокольня Ивана Великого, и за ней заблистала повсюду в Москве иллюминация».

Однако под утро 18 мая случилась трагедия. На Ходынском поле, где должен был состояться праздник с раздачей пива, мёда и царских подарков (в набор входили сайка, пряник, полукопчёная колбаса, орехи, конфеты и эмалированная кружка с гербом), с вечера собралось до полумиллиона человек. За порядком никто не следил. В огромной толпе началась давка, а когда в шесть утра начали раздавать гостинцы, люди рванулись к киоскам и сараям с выпивкой, топча друг друга, так что, как гласил отчёт о расследовании трагедии, «трупы их за невозможностью устранить их из толпы увлекались ею к месту раздачи угощения». Схлынувшая толпа оставила сотни убитых и покалеченных; явились полиция, пожарные, примчались репортёры и фотографы, которых гнали прочь. Мёртвых и ещё живых на телегах под рогожами повезли в больницы и полицейские участки. По официальным данным, в тот день пострадали 2690 человек, 1389 из них погибли.

Николай с женой прибыли на Ходынку утром, когда следы трагедии уже убрали, и видели веселящийся народ. «Смотрели из павильона на громадную толпу, окружавшую эстраду, на которой музыка всё время играла гимн и “Славься”», — записал царь в дневнике. Вечером состоялся бал во французском посольстве, где «танцы сменялись танцами, между прочим, одна кадриль была составлена почти исключительно из членов различных царствующих домов в Европе». Когда стала известна истинная картина происшедшего, царская чета посетила раненых в больницах; осиротевшим семьям император из личных средств выделил по тысяче рублей и распорядился за свой счёт похоронить погибших. Однако расследование не коснулось дяди царя — московского генерал-губернатора великого князя Сергея Александровича, а козлом отпущения стал исполнявший должность московского обер-полицмейстера полковник Власовский.