Президиум Всероссийского центрального исполнительного комитета признал решение о расстреле правильным. 19 июля газета «Известия» сообщила: «В последние дни столице Красного Урала Екатеринбургу серьёзно угрожала опасность приближения чехословацких банд. В то же время был раскрыт новый заговор контрреволюционеров, имевший целью вырвать из рук Советской власти коронованного палача. Ввиду этого Президиум Уральского областного Совета постановил расстрелять Николая Романова, что и приведено в исполнение 16 июля.

Жена и сын Николая Романова отправлены в надёжное место. Предполагалось предать бывшего царя суду... события последнего времени помешали осуществлению этого».

Тела царя, его родных и слуг побросали в грузовик и отправили в сопровождении конвоя к Верх-Исетскому заводу, откуда уже на телегах доставили к шахте у Ганиной ямы — пруда, в который откачивали воду из шахт. Одежду, выпоров из неё драгоценности, сожгли в костре. Всех убитых побросали в шахту и бросили несколько гранат; но завалить шахту не удалось, и обнажённые тела были видны на дне неглубокого колодца.

Тогда Уралсовет решил обезобразить трупы серной кислотой, сжечь что можно, а остальное бросить в шахты в окрестностях Екатеринбурга. Трупы достали и опять повезли по Московскому тракту. Ранним утром 19 июля грузовик свернул с основной дороги близ деревни Коптяки и застрял. Юровский принял решение зарыть трупы здесь же, у переезда № 184 Горнозаводской линии железной дороги. В воспоминаниях он писал, что два трупа — царевича и женщины — сожгли, «потом похоронили тут же, под костром, останки, и снова разложили костер, что совершенно закрыло следы копанья»; для остальных вырыли братскую могилу: «Трупы сложили в яму, облив лица и вообще все тела серной кислотой, как для неузнаваемости, так и для того, чтобы предотвратить смрад от разложения (яма была неглубока). Забросав землёй и хворостом, сверху наложили шпалы и несколько раз проехали — следов ямы и здесь не осталось. Секрет был сохранён вполне — этого места погребения белые не нашли».

Так и случилось — колчаковский следователь Н. А. Соколов не обнаружил захоронения и решил, что тела были расчленены и сожжены дотла. Но в 1979 году останки обнаружили геолог Александр Авдонин и писатель Гелий Рябов. Через десять лет Рябов опубликовал сообщения об этом в журнале «Родина». В 1991 году в захоронении нашли останки девяти человек. По заведённому в 1993 году уголовному делу в России, США и Австрии был проведён комплекс антропологических, судебно-медицинских, генетических исследований, которые доказали, что это останки членов семьи Николая II и людей из его окружения.